位于南澳岛深澳镇大衙口的南澳总镇府，始建于明朝万历四年（1576年），是当时的南澳副总兵晏继芳建造的。万历九年，副总兵侯继高增建总兵府的后楼，成为一个完整的总兵衙署。由于南澳岛地处东南沿海要冲，介于粤东与闽南之间，历史上就是兵家必争之地，是军事要地，也是东南沿海通商的必经泊点和中转站，素有“闽粤咽喉、潮汕屏障”之称。封建统治者怕这里拥兵自重，所以一个小小海岛竟划分由广东和福建共管。中间由雄镇关做为分界线。明清时海禁很严，朝廷限制愈厉害，民间走私活动愈猖獗。加上外有倭寇的侵扰，内有海盗盘踞，朝廷派驻的士兵越来越多，南澳的规格也逐步升级，最后成为管制闽粤台的重要军事基地，也是全国唯一的海岛总兵府。

西辕门是古代的军营大门及官署的外门，步入西辕门，迎面被两棵引人注目的有着数百年历史的大榕树所吸引，这两棵树被当地人誉为“郑成功招兵树”。据说， 1662年郑成功收复台湾时，就是在这棵树下招兵的，郑成功的塑像伫立树下供人瞻仰。另一棵大榕树下陈列着两门大土炮，它们分别是从山上和田里挖出来的。土炮的左前方立有石碑一块，上书“闽南界”三个大字，只因为在1941年以前，南澳岛归属福建和广东两省辖管。走进总兵府官署大门，迎面是高大巍峨的帅堂，据载曾有176位总兵、副总兵在此就任。现在衙署已辟为博物馆，保存有许多重要海防史料，成为了全国第一座海防史陈列馆。也是海峡两岸交流基地，以前的海防前线，现在的旅游胜地，让我们铭记历史，明清倭寇犯界侵略我中华的历史绝不能再演，也绝不会重演。