1981年6月开始举办为期2-3个月的三期义工进修班，1982年9月改办成一年制的神学专修班。1983年6月正式创办二年制中专班，2002年2月升格为三年制大专班。

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学院实行董事会领导下，院长负责制，设立院务委员会，下设教务处、办公室、财务室等职能部门。遵照全国神学教育委员会所制定的“灵、德、智、体、群全面发展”的方针，培养坚持三自原则，爱国爱教的传道人。

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共开设五十多门课程，神学和圣经课程占70%，文史课程占30%。圣经神学课程以《圣经》专卷注释、神学课程为主，社会学科则开设文学、哲学、政治、英语、音乐、钢琴、计算机等课程。现有专职教师14人，外聘兼职教师12人。专职教师中博士1人、硕士7人、学士6人；兼职教师中博士3人、学士6人。

迄今，学院已为全省基层教会输送教牧人员1394人。年轻一代的毕业生在八闽各地教会牧养，广传福音。有的已经被按立为牧师，有的已成为当地教会的领导同工，有的已当选为省、市、县区各级人民代表、政协委员。

学院在1983年办学之初仅有3位专职教师，师资力量严重缺乏，因此院领导特别注重师资队伍的培养。如今已拥有一批神学造诣深、教学经验丰富的教师队伍：专职教师14人，外聘兼职教师12人。专职教师（由于宗教院校还没有统一的职称评定办法，所以没有职称），其中博士1人、硕士7人、学士6人；执教15年以上的有3人，10年以上的有4人，5年以上的有4人，2年以上的有3人。兼职教师中，有博士3人、学士6人；有教授1人、副教授2人、讲师2人、高级教师2人；执教15年以上的有3人、10年以上的有1人、5年以上的有5人。院领导还注重专职教师的提高，有计划地通过全国基督教两会选派教师出国进行长、短期深造学习，有5人分别从美国、新加坡、香港留学归来，取得博士、硕士学位，还有1人前往芬兰参加短期培训，这些新生力量的注入，使学院充满生机和活力。

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学院鼓励教师进行神学研究，撰写神学论文，积极参加全国及省两会举办的神学思想研讨会。多篇神学论文被收入全国和省两会的神学论文专集中。专职教师中还有多位教师有自己的专著：郑玉桂院长著有《郑玉桂文集》、林志华副院长有《最妙的道》、《敬拜上帝》、《三个园子》等，岳清华博士有《犹太民俗》、《诗篇导读》。一些教师的文章在福建省民族宗教事务厅主办的《福建宗教》和基督教全国性刊物《神学志》、《天风》发表。