GIS很早就被应用于公共卫生领域，尤其是流行病学领域，GIS的发展为流行病学研究和疾病预防控制提供了一种新的技术手段，利用GIS强大的数据管理能力和显示功能，可以获得更多的信息。大部分的流行病学研究资料都具有空间属性，如人群和动物的发病感染情况、宿主媒介的分布、温湿度、降雨、土壤和卫生设施等都与地理位置有关，GIS可以通过空间关系将这些数据连接起来，进行交互显示和分析，同时也为以后的统计分析提供基础。大量数据具有空间分布特点，传染病的发生与流行，地方病的分布及病因，许多疾病的地方高发性特点等都与空间信息密切相关。疾病数据资料的这种空间相关特点成为GIS应用的前提。健康和疾病受到各种生活方式和环境因素的影响，这些具有定位特点的影响因素，为健康与环境的流病学研究提供了有价值的线索。如John Snow对伦敦Soho地区的霍乱流行进行了研究，并早在1854年就用了多幅地图演示了Soho地区霍乱死亡与污染水源空间分布的密切关系，充分显示了空间地图在疾病流行病学研究中的重要意义。

    目前GIS在疾病预防控制工作主要用于：

     一、GIS用于传染病及其媒介监测分析 

1. GIS通过空间位置与疫情数据对接，可以进行交互显示和分析，进行疟疾、血吸虫、鼠疫等与地理密切相关的自然疫源性传染病医学地图的制作和空间流行趋势分析。

2.GIS也用于一些与地理因素中度或低度相关的疾病监测当中，如结核、艾滋病、麻疹等。

3.GIS用于传染病媒介的监测，用于描述媒介的消长和分布与疾病的关系。

二、GIS用于慢性非传染病研究

    借助GIS功能,探讨GIS在肿瘤等慢性病的空间分布特征，可以为研究防治策略提供了十分重要的直观依据。

三、GIS用于突发公共卫生事件应对

由于GIS具有交互定位和逻辑查询以及广泛的关系数据库连接能力,可以有效地帮助疾病控制机构完成疫情定位、疫情事件分析、绘制疫情危害图、现场工作情况实时采集传送、人员派遣、规划、显示各类卫生机构分布图、重点单位基本状况分布图、紧急调度和路径优化等任务,从而在有限的资源条件下,最大限度地提高应急处理效率、降低疫情危险程度

四、网络GIS(WEBGIS)

WEBGIS是基于 Web的分布式计算技术与 GIS 的结合。它与传统的局域网的 GIS 相比,具有平台无关性、广泛的访问范围、更简单的操作、平衡高效的计算负载和较低的系统成本等优点。

五、GIS的二次开发和应用

随着GIS应用领域的扩展，应用型GIS的开发工作逐渐得到重视。如WHO开发的HealthMap、美国CDC开发的EpiMap，国家CDC开发的PHGIS等。

目前GIS在疾病预防控制和研究尚处起步阶段，还有许多具体问题需要解决，但从信息时代对疾病预防控制的要求和发展趋势看，GIS在重大疾病防控、卫生行政决策指导等方面，将有广阔的应用前景。随着计算机技术的飞速发展和遥感遥测水平的不断提高，GIS与遥感遥测技术以及全球定位系统相结合，应用型GIS的集成二次开发以及WEBGIS的出现，将使得流行病学领域的GIS开发得以进一步发展，必将进一步提高疾病研究能力，在疾病预防控制中将起到重要作用。