该遗址内涵分为二期。一期(下层)为仰韶文化遗存，命名为仰韶庙底沟类型。二期(上层)遗存属仰韶文化向龙山文化过渡性质的遗存，命名为庙底沟二期文化，它是承袭仰韶文化发展而来，又发展为河南龙山文化。  

   庙底沟遗址已出土仰韶文化和龙山文化陶器上千件，在中国考古界引起轰动。这一发现解决了仰韶文化与龙山文化的相互发展关系，在考古学上具有重要价值。2021年10月18日，河南三门峡庙底沟遗址入选全国"百年百大考古发现"。