天然饮料矿泉水厂使用二氧化氯消毒流程分为三个部分进行，一是瓶体瓶盖的消毒；二是管道系统和饮料灌装设备、水处理设备的消毒；三是对矿泉水水体的消毒。

对瓶体瓶盖的消毒分不同情况进行：

    一是现时动态消毒：就是日常生产常规消毒。在纯矿泉水成品灌装前将PET瓶去污冲洗，然后将二氧化氯消毒液，用水泵通过喷射嘴对瓶体进行动态消毒，最后以动态无菌水冲洗瓶内外，再通过输送带进入自动灌装。二是隔夜静态浸泡：生产班长跟据提前一天下达的生产指令单，领取明天生产的瓶盖，然后将瓶盖浸入新配制的二氧化氯消毒液中隔夜静态浸泡，第二天开机取出消毒瓶盖，以无菌水冲洗去消毒液，再放入自动旋盖机。三是严重污染的瓶体消毒：因风吹日晒、严重污染、欲将销毁的PET瓶，可采用100PPM(mg/L)的二氧化氯消毒液进行30min浸泡后，取得良好效果，为厂里避免经济损失。

    对管道和饮料灌装设备的消毒，也按自动流水线的工艺顺序进行，从抽取地下水的第一级贮水桶开始，到灌装成瓶装产品的最后一级灌装机，进行全线动态消毒。每周未一次配制100 PPM(mg/L)二氧化氯消毒液于第一级贮水桶，像平时生产副产水和灌装时一样，把消毒液从第一级贮水桶，时间持继半小时，吨位：6m3 ，效果良好。

    此外，还对化验间、配料间、灌装间等无菌要求的工作环境，按每月一次进行喷雾消毒，并配合每天上班前紫外光杀菌，效果良好，而且被喷洒环境有清新感觉。不但把二氧化氯当做水体的消毒剂还当做防腐剂，利用它的抑菌作用，使保质期一年得到有力保证，配制浓度是1：6000，加入并溶于整桶的矿泉水贮水槽中，经地质矿产部上海中心实验室的测试分析，经处理后的矿泉水中的有益常量元素和微量元素没有破坏作用。