崇正书院遗址位于江苏省南京市鼓楼区清凉山东麓。崇正书院原为明朝嘉靖年间督学御史耿定向的讲学处。时任督学御史的耿定向见清凉山环境清幽，便选定为址，依山就势，在此建立崇正书院。书院最初是为了讲学和推广儒家学说，特别是阳明心学，旨在“推崇正统儒学”，因此命名为“崇正书院”。书院几经毁废和重建，曾在清初改为云巢庵，后在乾隆年间改为佛事活动场所，直至同治年间重建为书院‌。1980年代，在著名建筑师杨廷宝的主持下，书院进行了重建，恢复了明清时期的建筑风格。书院依山势分为三进，一殿与二殿由两边回廊相连接，廊壁墙上开各式花窗，东侧廊壁嵌有两块石碑。二殿与三殿间是开阔青石平台，其东侧有一组山水小景。三殿是公园的制高点，放眼周围一片苍翠，抬头远望，方圆百里尽收眼底。