南京有有足球俱乐部成立于2003年，球队定名为“南京有有（YOYO）队”。它的前身是辽宁足球队的青年队，主场位于南京市五台山体育场。 当时，南京有有与同城另一支球队江苏舜天的南京德比一直是南京球迷关注的焦点。

南京有有足球俱乐部是南京市有史以来首家城市职业足球俱乐部，江苏省的第二支职业足球俱乐部。从2003年到2010年一直在中国足球甲级联赛参赛，南京有有队中曾拥有胡云峰、曲圣卿、李喆、肖智等著名球员。2006年，南京有有队排名中甲联赛第五名，是俱乐部成立以来在职业比赛中取得的最好成绩。

2010年，南京有有在中甲联赛排名垫底，降入中乙。2011年5月，因球员欠薪问题未能解决，南京有有足球俱乐部被中国足协取消注册资格，从而在中国职业足坛消失。

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