思辨学和系统科学都属于方法论学科，而且可以说思辨学是在系统科学的基础上发展起来的。因为，“思辨学”中组合性结构来源于一般系统论中组合性整体的概念。但是，思辨学和系统科学在“系统”两个字的概念上存在着严重的分歧。系统科学将“系统”两个字当作客观事物去对待，认为自然界里存在着各类系统，并试图从各类系统中去寻找系统结构和功能上的共同规律。而思辨学则是将“系统”两个字看成是一个“局部与整体”的抽象概念，认为所谓的共同规律其实是自然界中客观事物之间因果关系的共同点，而非所谓“系统”结构和功能上的共同点。