1、企业合并一般性税务处理，被合并企业资产和负债按市价卖给合并企业。被合并企业按不再持续经营发生，结束自身业务、处置资产、偿还债务以及向所有者分配剩余财产处理。

被合并企业按《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）文规定，进行企业所得税清算处理。

财税［2009］60号文规定:

五、企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。

被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。

被清算企业的股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。

《公司法》规定：

第一百八十七条 清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

根据上述规定，被合并企业应按上述规定股东的出资比例向其分配剩余资产。

2、企业所得税、增值税、营业税应遵循各自的税法规定。

企业合并企业所得税适用特殊性税务处理，不一定意味着企业符合《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）和《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第51号）规定。

国家税务总局公告2011年第13号规定：

纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。

国家税务总局公告2011年第51号规定：

纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。

根据上述规定，企业合并适用上述不征收增值税，不征收营业税规定的，劳动力的转让是前提条件之一。

3、企业合并适用特殊性税务处理可能涉及增值税、营业税、印花税等税收。