加载中…bsub提交任务
(2012-11-21 19:13:35)
标签：
杂谈 |
分类： Linux |
l 队列设置（bqueues命令查看）：
Parallel：此队列有64个节点，计算网络是infiniband（40G），每个节点有12个计算核心，24G内存；适合跨节点并行计算。
smp_high：此队列有40个节点，计算网络是以太网，每个节点有12个计算核心，24G内存；适合单节点内并行，或少量节点间通信的跨节点并行计算。
smp：此队列有48个节点，计算网络是以太网，每个节点有8个计算核心，24G内存；适合单节点内并行，或少量节点间通信的跨节点并行计算。
l 应用设置（bapp命令查看）：
amber
g03
gaussian
gromacs
ms
l 脚本范例
Amber（把下面内容编写成脚本）
#BSUB -q smp （选择队列）
#BSUB -app amber （应用）
#BSUB -o %J.out （结果输出文件，以作业号为文件名）
#BSUB -o %J.err
#BSUB -a openmpi （编译器）
#BSUB -n 8 （计算核心的数量）
mpirun.lsf sander.MPI -O -i min_2ojn.in -o min_2ojn.out -p
2ojn.top -c 2ojn.crd
-r min_2ojn.rst -inf min_2ojn.inf
G03（把下面内容编写成脚本）
#BSUB -q smp （选择队列）
#BSUB -app g03 （应用）
#BSUB -k "/lustre/home/wangxj
60" （保存断点，作业停了可以继续运行）
#BSUB -o %J.out （结果输出文件，以作业号为文件名）
#BSUB -n 8 （计算核心的数量）
g03 1reo6T-3.gjf
G09（把下面内容编写成脚本）
#BSUB -q smp_high （选择队列）
#BSUB -app gaussian （应用）
#BSUB -o %J.out （结果输出文件，以作业号为文件名）
#BSUB -e %J.err （错误输出文件，以作业号为文件名）
#BSUB -n 12 （计算核心的数量）
#BSUB -R "span[hosts=1]" （12个计算核心在一台机器上）
g09 TS3-4_3.com
Gromacs（把下面内容编写成脚本）
#BSUB -q parallel （选择队列）
#BSUB -app gromacs （应用）
#BSUB -a intelmpi （MPI）
#BSUB -o %J.out （结果输出文件，以作业号为文件名）
#BSUB -e %J.err
#BSUB -n 12 （计算核心的数量）
#BSUB -R "span[ptile=6]" （每个节点用6个计算核心）
mpirun.lsf mdrun -v -s md.tpr -c
md.gro -e md.edr -o md.trr -g md.log
MS5.5 （把下面内容编写成脚本）
#!/bin/sh
#BSUB -q parallel
#BSUB -app ms
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -n 12
#BSUB -R "span[ptile=6]"
#BSUB -R "rusage[mslic=1]" （判断模块license是否被占用）
/home/msi/Accelrys/MS55_IB/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 2
A
（IB网络）
或者
/home/MS55/Accelrys/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 2 A
（不限网络）
Fluent（把下面内容编写成脚本）
#!/bin/sh
#BSUB -q parallel
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -n 12
fluent 3d -i test.jou -t8 -g
Matlab（把下面内容编写成脚本）
#!/bin/sh
#BSUB -q parallel
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -n 1
matlab -nodisplay -r example
(example ---> example.m 文件)
并行程序（自编）
自己编写程序提交方式,在配置文件中添加：
source /home/apps/intel/ictce/4.0.0.020/ictvars.sh
脚本样例：
#BSUB -q smp
#BSUB -n 8
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -a intelmpi
mpirun.lsf ./并行可执行文件
作业提交
bsub < 脚本名
或者
/home/MS55/Accelrys/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 2 A
Fluent（把下面内容编写成脚本）
#!/bin/sh
#BSUB -q parallel
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -n 12
fluent 3d -i test.jou -t8 -g
Matlab（把下面内容编写成脚本）
#!/bin/sh
#BSUB -q parallel
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -n 1
matlab -nodisplay -r example
并行程序（自编）
自己编写程序提交方式,在配置文件中添加：
source /home/apps/intel/ictce/4.0.0.020/ictvars.sh
脚本样例：
#BSUB -q smp
#BSUB -n 8
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -a intelmpi
mpirun.lsf
作业提交
bsub < 脚本名
喜欢
0
赠金笔
前一篇：服务器之间拷贝文件
后一篇：Gaussian chk文件使用