从生态系统结构和组成分，可以分为如下三个类型：

（1）时空结构型。这是一种根据生物种群的生物学、生态学特征和生物之间的互利共生关系合理组建的农业生态系统，使处于不同生态位置的生物种群在系统中各得其所，相得益彰，更加充分地利用太阳能、水分和矿物质营养元素，是在时间上多序列、空间上多层次的三维结构，其经济效益和生态效益均佳。具体有果林地立体间套模式、农田立体间套模式、水域立体养殖模式，农户庭院立体种养模式等。

（2）食物链型。这是一种按照农业生态系统的能量流动和物质循环规律而设计的一种良性循环的农业生态系统。系统中一个生产环节的产出是另一个生产环节的投入，使得系统中的废弃物多次循环利用，从而提高能量的转换率和资源利用率，获得较大的经济效益，并有效地防止农业废弃物对农业生态环境的污染。具体有种植业内部物质循环利用模式、养殖业内部物质循环利用模式、种养加三结合的物质循环利用模式等。

（3）时空食物链综合型。这是时空结构型和食物链型的有机结合，使系统中的物质得以高效生产和多次利用，是一种适度投入、高产出、少废物、无污染、高效益的模式类型。

从农业生态系统的特点分，可以分为如下四种类型：

（1）立体农业生态系统。模拟天然生态系统的立体结构，设计建设具有立体层次的人工生态系统。由于立体农业生态系统比较充分地利用和转化太阳能，因此提高了经济效益，另外又增加了生态系统的稳定性，从而也提高了环境效益。立体农业的类型很多，主要有农作物的轮作、间作和套作，农林间作，茶胶间作，种植业与食用菌栽培相结合，农林牧相结合等。

物种共生的农业生态系统。将植物栽培与动物养殖有机地结合在同一空间，形成物种共生的生态系统，更充分地利用物质和能量，提高经济效益和环境效益，以满足人类的需要。物种共生的生态系统目前主要包括稻田养鱼，莲藕养鱼，稻田养鸭，林蛙共生等类型。

（2）物质和能量多层次利用的农业生态系统。物质和能量的多层次利用，可以提高资源的利用率和经济效益，还可以改善环境质量，其主要类型有基塘生态系统。基塘类型有桑基鱼塘、果基鱼塘、花基鱼塘。其它如种植业与养殖业结合的生态系统，以及以沼气为纽带的物质多层次利用系统。

（3）多功能农工联营生态系统。综合利用农业生态学的理论和方法，实行种植业、养殖业、加工业三者密切结合，建立多功能的农工联营生态系统，其生态效益、经济效益和社会效益都很明显，而且也很协调。主要类型有农、林、牧、渔全面发展的农工联营生态系统，以林、特产为主的农工联营生态系统，以水产养殖为主的农工联营生态系统，以粮食加工为主的农工联营生态系统。

从自然不同生态条件和经济发展水平形成如下四种类型：

（1）生态脆弱区生态农业县的发展模式。主要在黄河中上游地区、长江上中游和三北风沙地区及其它以山区、高原为主的自然经济条件较差的县域。这类生态农业县建设的基本模式为“治理与结构优化性”。主要途径为对恶化的生态环境进行治理，重点是植被恢复；加强农业基础设施建设，重点是基本农田建设；对农业生产结构进行优化调整，重点是以提高粮食单产为出发点，压缩粮田面积，适度扩大林果牧业，实现农林牧综合发展。

（2）生态资源优势区生态农业县的发展模式。主要分布在南方交通不便，但生态与资源、环境良好的经济不发达地区。这类地区以南方较好的山地丘陵为主，发展生态农业的主要模式为“生态保护与生态产业开发型”。主要途径为切实保护生态环境和自然资源，保护生态优势；加强农业基础设施建设；大力开发生态型特色产品，发展生态产业。

（3）农业主产区生态农业县的发展模式。这类地区是我国商品粮、棉、油的主产区，以平原为主，种养业发达，农业产业化、机械化、集约化、规模化水平高。发展生态农业主要采用“农牧结合型加工增值模式”，即以农牧结合为基础，发展农副产品加工业，建立资源高效利用型产业化生态农业技术体系。

（4）沿海和城郊经济发达区生态农业县的发展模式。这类县域经济发达，农业产业化水平、整体技术水平高，代表了我国农业现代化的较高水平和方向。此类区生态农业县发展面临的主要问题是农业投入大、劳动力成本高、农业环境污染较为严重，但市场拉动力大，要求高，技术力量强，适合发展中高档优质农产品。这类县域生态农业的整体模式为“技术先导精品型”。由于县域生态经济特点不同，其生态农业发展的模式也不同，表现出丰富的多样性。