清华大学的科学技术史学科有着悠久的历史，是中国科学技术史学科的重要策源地。20世纪50年代，刘仙洲、梁思成、张子高三位先生分别在机械史、建筑史和化学史方面进行了开拓性的研究，取得了令国际同行瞩目的成就。1954年9月2日成立的现代中国第一个科学技术史研究机构——中国科学院自然科学史研究委员会中，叶企孙（物理学史）、梁思成（建筑学史）、刘仙洲（机械工程史）均为清华学人。

2003年，清华大学获得科学技术史硕士授权。

2017年5月16日，清华大学第23次校务会议决定成立清华大学科学史系。6月7日，吴国盛教授被任命为清华大学科学史系主任。6月30日，科学史系成立大会在蒙民伟楼多功能厅举行。

2018年4月24日，清华大学第14届党委第31次常委会决定成立清华大学科学博物馆（筹）。同日，吴国盛教授被任命为清华大学科学博物馆（筹）馆长。

2018年4月11日，清华大学教学委员会2018年第一次全体会议决定设立“科学史”本科辅修专业。同年5月，在全校理工院系招收10名本科辅修生。

2018年10月11日，清华大学学位评定委员会2018年第四次全体会议决定设立“科学技术史”博士学位授权点。

2019年5月6日，国务院学位委员会发布通知，经国务院学位委员会第三十五次会议审议批准，清华大学自主增列科学技术史一级学科博士学位授权。

2021年12月10日，教育部发布通知，同意我校申报的“科学史”本科专业列入普通高等学校本科专业目录，专业代码060109T，学位门类历史学。

2023年10月20日，人力资源社会保障部/全国博士后管理委员会发布通知，批准我校设立“科学技术史”学科博士后科研流动站。