藏经楼包括主楼、僧房和碑廊三部分。面积达3000多平方米,主楼为宫殿式建筑，外观又像一座寺院楼，藏经楼以及碑廊、碑刻是中山陵一处重要的纪念性建筑。在三楼屋檐正中悬有一方直额,上书"藏经楼"三字,黑底金字,由当代著名书法家武中奇题写。1987年5月7日经南京市人民政府批准,将藏经楼辟为孙中山纪念馆。民革中央名誉主席屈武亲笔题的"孙中山纪念馆"楷书阴刻六个鎏金大字横匾,悬挂在主楼底屋正门上方。

     主楼是一座钢筋混凝土结构重檐歇山顶式宫殿建筑,屋顶覆绿色琉璃瓦,屋背及屋檐覆黄色琉璃瓦,正脊中央竖有紫铜鎏金法轮华盖,梁、柱、额、枋均饰以彩绘,整座建筑内外雕梁画栋,金碧辉煌,气势雄伟,极为壮观。共三层，底层为讲经堂，并有夹楼听座；二楼为藏经、阅经及研究室；三楼为藏经室总面积1600平方米。一楼中部大厅上高悬一座火炬形大吊灯，厅顶部饰有鎏金的八角形莲花藻井，显得豪华宏丽。楼后有回廊式建筑，长125米，壁面镶砌的是冯玉祥将军捐赠送的“三民主义”学说全文碑刻，共青团6讲138块，计15万5千余字。每讲分别由当时的书法家张乃恭、陈天锡、连声海、李启琛、叶恭绰、郑洪年、陈仲经、蔡允、胡涤、彭醇士、王宜汉、李宣倜、王贤、邓粪翁等人书写，是一组书刻俱佳的珍贵文物。

      僧房五间，建在中轴线上，僧房后建有东西厢房四间，东西碑廊各长125米，左右对称，环绕主楼与僧房。东西碑廊各25间，廊壁镶嵌爱国将领冯玉祥捐献的河南嵩山青石碑138块，碑高1．90米，宽0．9米，碑文为孙中山先生《三民主义》全文，计15．5万余字，都出于国民党元老名家手笔。由苏州吴县石刻艺人唐仲芳带领弟子用了一年半时间完成。由于书写者不同，因此刻出的碑文风格各异。138块碑刻是近代文物的一个重要组成部分。1937年，日本侵略者侵占南京后，将主楼、僧房及碑廊付之一炬，主楼系用钢筋水泥构造，幸免于难，而碑廊因用砖瓦木结构，当时化为灰烬，仅剩碑廊基础及碑刻。''文革"期间，碑廊、碑刻与藏经楼一样也遭到严重破坏。战火中幸存的9间碑廊被拆，138块碑刻无一幸免。碑文被铁锤"过堂''无一完好，碑毁字灭，见者无不哀叹。要使这组技术复杂且又珍贵历史文化遗产按原貌再现，任务甚是艰巨。经文物部门和专家学者多次研究修复方案，又经四个单位试修，最后确定选字刀法、风格、做法力争与原构件相符，在不准更新、不失原貌的前提下制订能粘接的粘接，能修补的修补的修复方案，基本恢复了原貌。