莲塘别墅具有历史、建筑、艺术、人文、科学等多重价值。

    一是中国农村的标本。莲塘别墅“三要素”（住宅、学堂、家庙）齐全，这在厦门乃至闽南是仅有的，可以说研究中国农耕社会特别是农村聚落组合难得的实体样板。

    二是精美的砖雕、石雕。屋内的百花图、百兽图、泼墨山水的雕刻拼接，堪称一绝。木雕、瓷雕等艺术品，件件也都是精雕细琢，美不胜收。砖雕面积更是创下福建之最，约有720平方米。难能可贵的是，莲塘别墅内，还有两尊福建仅存的“蒙加利”石雕，一男一女当门而立，护卫家居，十分有趣。

    三是多品空斗砖砌和戏台。莲塘别墅的外墙、廊墙、前檐墙等均采用空斗砖砌技术，几乎汇集了闽南红砖民居空斗砖砌的全部图案，成为厦门地域特色的代表。别墅学堂里仅存的观戏台也十分有个性，为双脊卷棚敞开亭。