在gaussian输入文件中，存在两种特殊类型的原子标记，用英文原文，一个叫做dummy atom，一个叫做ghost atom，按照starl在南开版的gaussian03中文用户手册中给出的，前者译为虚原子，后者译为空原子。 这二者有显著的区别，建议明确地区分开：
dummy atom用于在使用z矩阵描述分子时给出正确的空间对称性，以及避免在优化过程中由于对称性限制造成的不必要的出错信息。一般标记为X。
ghost atom用于在计算BSSE过程中，提供其他片段的原子所在的位置以及其他片段原子所能提供的基函数。一般标记为原子名称后加Bq，比如：C-Bq。
用dummy atom时，这就是个不存在的原子，它仅提供为其他原子定位而使用，不提供任何波函数，不影响体系的优化以及能量计算。
而用ghost atom时，由于它提供这个原子原本能提供的基函数，因此，得到的MO的描述更加详细精确，得到的能量也就更低。
摘自：ghost 鬼原子的输入格式

为避免使用180º键角和方便定义带有对称性的分子，可使用虚原子。虚原子用X标记。
http://s9/mw690/001NIuQazy6FPrXdUIEd8&690虚原子(dummy atom)" TITLE="gaussian 虚原子(dummy atom)" />
摘自：南开大学《量子化学与分子力学/分子模拟》第二章，分子的构建

虚原子:原子核电子数为0，质量为0
摘自：过渡态的优化-方德彩-北京师范大学化学学院

在很多场合，我们可以利用添加虚原子X来定义参考原子或参考旋转轴，然后利 用前述的三个变形工具（键长、键角、二面角）对分子进行我们想要的操作。
摘自：GaussView高级技巧

GaussianView中用X表示虚原子，可以从gaussview的周期表中选择（参考：请问是什么是虚原子近似计算-5楼），元素周期中位置与添加后效果如下图。
显示dummy atom：View=>Dummies: Display of dummy atoms if present (initially on)
将dummy atom 放置在选定原子中心：Builder=>Place Fragment at Centroid of Selected Atoms

http://s10/mw690/001NIuQazy6FPsTT8Lv19&690虚原子(dummy atom)" TITLE="gaussian 虚原子(dummy atom)" />
使用实例(aniline)：
http://s16/mw690/001NIuQazy6FPtcGeth5f&690虚原子(dummy atom)" TITLE="gaussian 虚原子(dummy atom)" />The angle between HNH and the CN bond is probably of interest in performing an optimization, but there is nothing to "anchor" the end of the angle. We can add a dummy atom, "X", which now becomes part of the CNX bond angle:
http://s8/mw690/001NIuQazy6FPtdDLwjc7&690虚原子(dummy atom)" TITLE="gaussian 虚原子(dummy atom)" />摘自：Dummy Atoms

gaussian网站上有更多的虚原子使用实例，可以作为参考。Mixing Internal and Cartesian Coordinates