加载中…
个人资料
  • 博客等级:
  • 博客积分:
  • 博客访问:
  • 关注人气:
  • 获赠金笔:0支
  • 赠出金笔:0支
  • 荣誉徽章:
正文 字体大小:

蛋白PDB文件格式

(2013-10-14 15:37:29)
标签:

蛋白

protein

pdb

文件

格式

分类: 分子模拟

列 

数据类型

字段名称 

定义描述

1 - 6 

Record name

"DBREF "


8 - 11

IDcode 

idCode 

记录的ID

13 

Character

chainID 

链的标识符

15 - 18 

Integer 

seqBegin 

PDB序列片段的起始序列号

19 

AChar 

insertBegin

PDB序列片段的起始插入代码

21 - 24 

Integer 

seqEnd

PDB序列片段的终止序列号

25 

AChar 

insertEnd 

PDB序列片段的终止插入代码

27 - 32 

LString

database

序列数据库名称如PDBSWS,当一个相应的序列数据库记录还未识别时即存放PDB

34 - 41 

LString

dbAccession 

序列数据库的访问号码,如对于GenBank来说即是NCBI gi

43 - 54 

LString

dbIdCode 

序列数据库的识别密码,对GB来说即是访问号码

56 - 60 

Integer 

dbseqBegin 

数据库片段的起始序列号

61 

AChar 

idbnsBeg 

涉及到PDB的话,存放片段起始残基的插入代码

63 - 67

Integer 

dbseqEnd 

数据库片段的终止序列号

68 

AChar 

dbinsEnd 

涉及到PDB的话,存放片段终止残基的插入代码。


原文出自:蛋白质PDB文件说明.doc

英文版:PDB Primary Structure Section

http://s4/mw690/001NIuQazy6EPkGTc5la3&690

from:Valeri Barsegov Molecular Dynamics Simulations: Lecture 16 & 17

0

阅读 收藏 喜欢 打印举报/Report
  

新浪BLOG意见反馈留言板 欢迎批评指正

新浪简介 | About Sina | 广告服务 | 联系我们 | 招聘信息 | 网站律师 | SINA English | 产品答疑

新浪公司 版权所有