9月2日，国务院常务会议决定在事业单位实施绩效工资，并在教育和医疗行业最先推行此新政。即从今年10月1日起，专业公共卫生机构和乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构等基层医疗卫生事业单位实施绩效工资。政策出台后，各方反应强烈，认为实行绩效工资制，一方面有助于提高医务工作者的收入，激发其工作积极性，同时也有利于规范不合理的津补贴，清理收红包、拿回扣的现象，纠正过去医疗中的犯规和不合理行为。但不少人在欢欣鼓舞的同时也指出如何进行合理的绩效考评，防止医疗界的过度贫富分化，抑制多劳多得后可能产生的逐利冲动成为一个急待解决的问题。
　  实施绩效工资的基础是如何评定绩效，然而，医疗工作是一种复杂的行为过程，其产品具有公共性和公益性，其服务过程中既有脑力、体力的付出，也有不少物资的消耗，对其进行合理的绩效考核既要考虑量的因素，也要考虑质的因素，公益性的考量更是不可缺少的，但如何在考核过程中把这些因素综合起来落在实处是个难题。
　　卫生部部长陈竺日前提出主要从服务数量、服务质量、服务效果和居民满意度几个方面来考核。就有医改专家表示，绩效工资改革中，如何确立完善的绩效评价机制尤为重要，但是在“服务数量、服务质量、服务效果和居民满意度”四项指标中，基层医疗服务质量和效果很难有量化的指标，干得好坏很难衡量，而如果要有严谨的方法来调查“居民满意度”，则可能需要投入大量资金，最后，服务数量可能会成为衡量基层医生工作量的最重要的甚至是唯一标准。
　　从目前某些地方的社区卫生服务试点来看，绩效考核中，外科手术很容易量化考核，但内科有些工作强度和医术水平没有办法具体量化。另外，患者病情各异，医生行医具有相对的个体性，而“统一”的考核指标，难免会出现一刀切的现象。如“服务质量”考核类别中，有“门诊抗生素二联及以上联用处方百分比”（指某医生一定时期的处方中，二联及以上抗生素的处方所占比例），如果超过一定的百分比限制（一般设计为20%），就会扣减医生的绩效分数。此举原意是防止医生滥用抗生素，但这也限制了医生治病的裁量自由权，如某一时期，需要服用抗生素的病人多怎么办？为了完成指标而不给病人应有的治疗？
　　相比社区医院，大医院的医生考核起来更是复杂，如科研、教学、进修、学术成就等如何考核，考核时医疗和治疗和科研学术该如何划分权重都是个问题。如指标少，考核容易导致不严谨。而指标设计多，操作起来就更不方便，容易导致争议。