现存殿宇四重，第一中是文武殿，1989重建

第二重是天王殿，该殿重建于清康熙四十一年（公元1702年），为一面阔三间的单檐歇山式建筑。梁架施有叉手保留有宋元网络，高8.5米，宽14.2米，前面辟雕花六合站，上刻道教八仙人物图案，地上铺方砖，上作藻井，装木板，析上原作壁画，乃明代遗物。

第三重大雄殿是云岩寺的核心位置，台阶中安盘龙浮雕御道，两侧修记事碑亭。殿为单檐歇山式建筑，高10.2米，宽14米，气势雄伟。大雄殿始建于清雍正一三年（公元1735年），门前一副对联曰：“囫囵一个太极图或打破或捻扁或搓圆，任凭万劫寻门路；分明这副本来面，时过去进未来时现在只为众生作道场”。

殿中央供着现在佛祖释迦牟尼，两边有迦叶、阿难两大弟子及神态各异的十八罗汉。

飞天藏就在大雄殿的左手边，围着绿色施工带的就是。

窦圌山的镇山之宝——飞天藏，建于南宋淳熙八年（公元1180年）至今824年悠久历史。纯木质的飞天藏在全国仅存三座，一座在河北省正定县隆兴寺，一座在九寨环线上的平武报恩寺，这两座都属于佛教建筑，而窦圌山这座却是奇特的道教建筑。现在在大修。

西配殿的琉璃就很成功。

飞天藏全由珍贵楠木穿斗而成。藏身高9.82米，外壳直径7米，由下而山分为四层，依次为平座、腰檐、天宫楼阁、宝顶，整个 飞天藏藏身中间立有一根直径为0.5米的大圆柱，圆柱的下端固定于地坑中形如铁鹅台桶子的六角藏针上，上端则包在梁架之中。圆柱上再加以木枋，并装上木板，便形成了八棱八方四层的巨型木塔。腰檐与天宫楼阁排列有道教木雕人像，雕刻精巧，极具宋代艺术风格。规模大，历史久，工艺精。

飞天藏是根据宋代李明仲《营造法式》的小木作转轮经藏而建造的。即使是在几百年后的今天，整个飞天藏仍可以在人的推动下转动。这就是四川最早的木构建筑。

据《江油县志》记载：窦圌山云岩寺在唐乾符年间（公元874年）已有东西二院，历经唐、宋、元、明、清毁茸交替，及佛道相争，其建筑基本为佛教禅院布局，中轴线上依次建有山门、文武殿、天王殿、大雄殿、震经楼及东西配殿、禅房等，但佛道二教又在文化与建筑上融于一体，故形成“东禅林，西道观”。山腰云岩寺与山顶东岳殿、窦真殿、鲁班殿等共同组成蔚然大观的古庙宇群落。