使用bioconductor的“GEOquery”包，可以直接从GEO中下载数据。尽管这个包还很粗糙，但是基本的框架已经有了。特别是对于不需要下载原始数据重新标准化的数据集，可以通过getGEO( )函数直接下载作者标准化后的数据使用。

1. 下载一个特定的数据集，这里的数据集是作者标准化之后的数据。

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Methods：

Meta(GSE8544)：查看这个数据集的情况；GSMList( )和GPLList( )将GSE信息提取出来之后，也可以使用这个函数总结和访问具体信息；

GSMList(GSE8544)：查看每个GSM具体；

GPLList(GSE8544)：查看GPL平台，常用来作为芯片注释；

Table(GSMList(GSE8544)[[1]])：可以用来访问GSE中每个GSM的具体表达值（已经归一化），第一列列名是“ID_REF”，第二列列名是“VALUE”。

Table(GPLList(GSE8544)[[1]])：访问GPL注释，第一列与上述GSMList第一列序号一致。

2. 合并GSM数据，利用注释文件“ID”列与GSE数据“ID_REF”列标记方法相同。

3. 最后，可以将其转换为"Biobase"包的“ExpressionSet”类（问题：如何只提取GSE的注释信息，而不下载数据？）。

4. 可以使用Table(GPLList(GSE8544)[[1]])提取探针注释信息，并将其写入ExpressSet的featureData中，作为注释信息。

需要写一个脚本，完整地将GEO的信息保存在ExpressSet中。