担子菌的无性生殖是通过菌丝断裂产生粉孢子、分生孢子或孢子芽殖，没有有性器官，但也有人说锈菌的性孢子器和受精丝是有性器官。

与子囊菌一样，有同宗配合、次生同宗配合和异宗配合，其中，同宗配合只占10%，绝大多数为异宗配合。异宗配合中约25%为两极性，其亲和性由一个因子控制。子囊菌的不亲和性只有一对等位基因(即A、a)，而担子菌似有多数等位基因(即http://i3.qhimg.com/dr/200__/t01f61cbf197a47b45d.jpg孢子形成过程示意图A1A2A3A4……)。任何两个含有不同等位基因的同核体融合在一起，即可形成可育双核体。其余大多数异宗配合表现为四极性，其亲和性由两个因子控制(即A、B)，每个因子又各有多数等位基因。

必须由两个因子都不同的初生菌丝结合。换句话说，次生菌丝的两个因子都是异源的。它可产生4类担孢子或2类担孢子，这又决定于减数分裂时染色体的交换和排裂列。染色体不发生交换时，只能产生2种类型的担孢子;交换发生在一个亲和基因位点时，则产生4种类型的担孢子;交换发生在两个基因位点时，又因染色体的排列而产生2种类型或4种类型的担孢子。在担子菌中，裂褶菌的亲性和可能是真菌中最为复杂的，已知它有450个A因子，90个B因子，AB两个因子又各有α、β两个位点，每个位点都有许多等位基因。两个因子的作用不同，B因子与细胞核的转移有关，A因子与核的配对和锁状联合的发生有关。

担子菌亚门约 12000种，通常下分两纲，即有隔担子菌纲和无隔担子菌纲。

包括银耳目、木耳目、锈菌目 、黑粉菌目。

包括伞菌目、多孔菌目、马勃菌目等。

许多现代学者主张，由于锈菌目和黑粉菌目都产生厚壁冬孢子，应该把它们合称为冬孢纲。因此，担子菌亚门担子菌的菌丝隔为桶孔隔膜又可分成冬孢菌纲、层菌纲和腹菌纲3纲。

担子菌中既有严重危害粮食作物和林木的病原菌，如黑菌粉、锈菌、木腐菌等，也有很多是著名食用菌，如蘑菇 、口蘑、香菇、侧耳等，还有中国传统的贵重药材，如黑木耳、银耳、茯苓、灵芝等，有些大型菌类还含有抗癌物质。