长江不仅长度达6300公里，而且水系跨越我国三大阶地和多个气候带，而且水系及江湖关系复杂，水域栖息地面积大，却呈现出多样性，所以，长江的鱼类资源丰富。具调查和统计，长江水系有鱼类370种，占我国淡水鱼总数772种的48％，居亚洲各水系之首。在370种鱼类中，以水体淡咸来分，纯淡水性鱼类294种，咸淡水鱼类22种，海淡水间洄游性鱼类9种，海水鱼类45种。以特有种来分，非特有鱼类228种，特有鱼类142种。特有鱼类按区域分，长江上游l12种，中下游21种，全江分布有9种，可见上游河段特有鱼类最为丰富，仅在“长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区”内分布有鱼类188种，除保护鱼类白鲟、达氏鲟、胭脂鱼外，还生活着特有鱼类63种，其中有相当一部分是适应于急流环境，通过摄食着生藻类或底栖无脊椎动物栖息于底层或爬附于砾石上，说明长江上游河流水系具有独特的水域栖息地、水文和水动力环境。

    在长江鱼类中，有9种列入国家重点保护动物名录，其中I级保护动物3种，分别是中华鲟、达氏鲟、白鲟，Ⅱ级保护动物6种，分别是川陕哲罗鲑、胭脂鱼、滇池金线鲃、大理裂腹鱼、花鳗鲡、松江鲈鱼。

     长江鱼类除具有十分重要的生物基因、物种、种群多样性外，长江渔业在我国淡水渔业中具有举足轻重的地位，千百年来是人们食物中重要的蛋白质来源，可以说，没有长江流域渔业，就没有世界领先的中国淡水渔业。以2000年产量为例，长江流域上海、江苏、安徽、江西、湖北、湖南、重庆、四川、贵州、云南8省2市淡水养殖面积281.0万hm²，占全国527．8万hm²的53.2％；淡水渔业产量983.9万t，占全国1740.3万t的56.5％；淡水渔业产值526.7亿元，占全国932.5亿元的56.5％，长江流域占了我国淡水渔业的半壁江山。我国淡水养殖产量领先的前10名省市区中，长江流域的省份占了7名，其中湖北位于全国第2位，长江流域第1位，占长江流域淡水渔业产量1／4。长江是著名的4大家鱼、中华绒螯蟹、鲥、鳗鲡等经济鱼类的原种基地，品质为我国所有水系中最优，其宝贵的基因资源是其它任何水系或人工方式所不能替代的。

    近30多年来，由于经济的快速发展，受水污染、过度捕捞、栖息地丧失和水利工程阻隔等综合原因的影响，久负盛名的“三鲜”(鲥鱼、河豚、刀鱼)，目前具开发利用价值的只剩刀鱼了，鲥鱼虽从1988年开始在长江实行全面禁捕，但经过十年的努力，仍不见好转，如同黄鹤一去不复返，河豚的捕捞量每只船仅能以条为单位来统计，刀鱼目前虽还能形成一定产量，但已有衰退的迹象，如不加以保护，有可能会重蹈鲥鱼的覆辙，四大家鱼天然产苗量也已经大为减少。目前白暨豚已经功能性灭绝，江豚也仅剩千余头，长江鱼类资源保护迫在眉睫，需要社会广泛关注。