生活在水环境中的鱼类，其呼吸器官无论在结构和机能上都与高等脊椎动物有很多不同之处。鱼类的主要呼吸器官是鳃。但是由于鱼类生活习性的多样化，除了鳃之外，还有其他的辅助呼吸器官。生活在热带和亚热带地区，在水温较高而含氧量较少的水体中的鱼类，身体上的某一组织，如皮肤、肠、咽喉壁、鳃上器官和“肺”等等，也可用来呼吸空气，这种兼营呼吸功能的构造称为辅助呼吸器官。

皮肤呼吸 
有些鱼类可以在空气中生活一段时间而不致死亡。象鲤、鲫、鲶和鳗鲡等，它们的皮肤呼吸容量大约占总呼吸量的17％～32％，星鲟、幼鲟、小种鲟约占总呼吸量的9％～12％。
皮肤的呼吸功能在于表皮之下分布着许多微血管，而且皮肤薄，鳞片退化，便于与外界进行气体交换。克洛克（Krogh）计算了鳗鲡单位皮肤面积的吸氧量，发现为0.074mL／m·h，约为蛙皮肤所能摄取氧量的一半。
象虎鱼科（Gobidae）中的某些属的鱼类，它们适应于海岸或淡水沿岸沼泽地生活，它们的头部表皮充满微血管，常常从水中伸出身体的前半部以营呼吸机能。

肠呼吸 
有些鱼类当水温低时或水中含氧量充足时，是用鳃呼吸，而当水温高而含氧量低时，或二氧化碳含量高时，它会上升到水面“吞食”空气，空气在肠内停留一段时间，借助肠呼吸功能摄食其中的氧气，剩余的气体则从肛门排出。象泥鳅、条鳅和花鳅等就具有肠呼吸的功能，它们肠道的前段具有消化功能，肠的后段经常没有食物储留，肠壁很薄，上皮细胞下面分布着丰富的微血管，且具有黏液细胞，能分泌黏液以包裹消化残渣，使粪便很快地通过具有呼吸功能的部分，不致损伤肠道。象泥鳅这种鱼类，一般在氧气较充足的时候，不进行肠呼吸的。

口咽腔黏膜呼吸 
栖息在稻田里或河流泥穴中的黄鳝，咽腔内壁的扁平表皮细胞上面布满血管，依赖咽表皮营呼吸功能。在浅水中的黄鳝也常常竖起前半段身躯将吻端伸出水面吸气，将空气储于口腔和咽喉部进行呼吸作用。所吞入的小气泡，充实了水中的含氧量，而口腔黏膜参与呼吸作用。其他如弹涂鱼、电鳗的咽喉表皮也有呼吸作用。

鲤上器官呼吸 
鳃上器是一种气呼吸器官，象常见的乌鳢是一种能够在空气中生活的鱼类，它们的辅助呼吸器官是第1鳃弓的背面有1个鳃上腔，腔内有第1鳃弓的上鳃骨和舌颌骨部分伸出来的薄而屈曲的骨片，外覆盖着具有丰富血管的多层表皮，鳃腔和咽喉部的表皮亦均有多量微血管，可以进行呼吸作用。
攀鲈、尖头鱼它们的辅助呼吸器官是第1鳃弓的上鳃骨及咽鳃骨扩大特化为迷路状的构造，形成“皱褶”的迷路囊。和攀鲈同一种的斗鱼亦具有类似的鳃上器官。我国南部的广东、福建等地的攀鲈，当旱季水涸时，可埋藏在泥土内数月而不死。

肺呼吸 
多鳍鱼类和肺鱼以及弓鳍鱼、雀鳝的鳔变态为“肺”，作为一种辅助呼吸器官。这种变态的鳔，有的分成左右两叶，在前端会合，右叶有裂口，开于咽喉与食道之间；有些则是单囊的鳔（如澳洲肺鱼），肺壁没有肺泡的结构，而是有大量纵行的皱褶，皱褶间具有鞭毛上皮沟，上皮下面分布着大量微血管。这些鱼类，当水中含氧气量充足时，以鳃进行呼吸，在涸水季节，则进行肺呼吸。

鱼类的呼吸器官是多种多样的，诸如假鳃，看上去好像是一种失去呼吸机能的退化结构，但实验证明，当水中二氧化碳含量升高以后，假鳃壁的嗜酸性腺细胞的分泌活动明显加强，由于假鳃的嗜酸性细胞含有较多的碳酸酐酶，所以说假鳃是鱼类向外环境排泄二氧化碳的一个器官。