香港海事博物馆楼高4层，总面积为4,400平方米，有19间展览馆，馆藏达3,000件，并设有资源中心、咖啡馆、礼品店和航海精品廊。海事博物馆主要介绍香港港口、中国海事文化及广州海上贸易等；公众观景层则包括了礼品店、水上消闲活动展厅及香港渡轮主题展览；屋顶观景层则设有咖啡厅、海图及领航展览等。

博物馆引入了不少科技元素，例如将记叙清朝嘉庆年间清朝廷扫平海患的《靖海全图》以高科技数码扫描修化为动态版本，重现清朝水师围剿海盗的事迹等，当中记叙了在大屿山对出海面与张保仔的大战；卷轴由20幅精致绘图组成，全长达18米。《靖海全图》动态版本分为两个部分，一方面360度投射将其于巨型幕墙上，使到观众被影像所包围，恍如置身当年战场；另一方面，观众可以配合平板电脑在《靖海全图》旁边展开卷轴不同的篇章，随意缩放图像。