南普陀寺始建于唐末五代，初称泗洲院。北宋僧文翠改建称无尽岩。元废。明初复建，更名普照寺。明末诗僧觉光和尚迁建于山前，殿堂院舍齐备，住僧常达百余众，清初又废于兵祸。清康熙二十三年（1684年），靖海候施琅收复台湾后驻镇厦门，捐资修复寺院旧观，又增建大悲阁奉观音菩萨，并以之与浙江普陀山观音道场相类比且在浙江普陀山的南面，更名为南普陀寺。此后数百年来，经历代主持景峰、省己、喜参诸和尚多次重修扩建，至民国初年，已构成三殿七堂俱全的禅寺格局，成为近代闽南最具规模的名刹。

南普院寺坐北朝南，依山面海而建，规模宏大，气势庄严，中轴线主建筑为天王殿、大雄宝、乐途殿、大悲殿、藏经阁；其中，天王殿位于寺院中轴线的最前端，前殿正中供奉笑容可掬的弥勒佛，两侧立有怒目环视的四大天王，殿后有韦陀菩萨覆掌按杵而立，威武异常。

      大雄宝殿是整个寺院的中心，具有典型的闽南佛殿的特点，大殿正中供奉三世尊佛高大的塑像，殿后供奉西方三圣。大悲殿呈八角形三重飞檐，中间藻井由斗拱层层迭架而成，无一根铁钉，构造极其精巧；殿内正中奉祀观音菩萨，其余各面为48臂观音，造型优美、姿态多样；又因闽南信众均崇奉观音菩萨，所以此殿香火异常鼎盛。

      藏经阁是中轴线上的最高层建筑，为歇山重檐式双层楼阁，一层为法堂，是僧人讲经说法的地方，二层为玉佛殿，内供28尊缅甸玉佛，并藏有数万卷古今中外的佛典经书及一些珍贵的文物。

      藏经阁里珍藏有缅甸玉佛，宋代古钟、香炉，明代铜铸八首二十四臂观音清代瓷制济公活佛以及大量佛典经书著名的有《明大藏经》《日本大藏经》等。藏经阁后有摩崖石刻多处，其中有块大石，镌刻着一个特大的“佛”字，高一丈四宽一丈，粗犷豪放雄健有力，为国内罕见。