南京总统府位于南京长江路292号，现在已成为中国最大的近代史博物馆。南京总统府已有600多年的历史,明朝初年曾是归德侯府和汉王府。清朝为江宁织造署、江南总督署、两江总督署。清朝康熙、乾隆皇帝下江南时均以此为“行宫”。1853年3月太平军占领南京，定都天京，洪秀全在此兴建了规模宏大的太平天国天朝宫殿（天王府）。清军攻破南京后，焚毁宫殿建筑，于同治九年（1870）重建了两江总督署。林则徐、曾国藩、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等均任过两江总督。
1911年10月辛亥革命爆发后，1912年1月1日，孙中山在此处宣誓就任中华民国临时大总统，并组建了中国历史上第一个共和制的国家政权 ──中华民国临时政府。1912年4月，临时政府结束，在这里成立了以黄兴为留守的南京留守府 ；1913年“二次革命”中 ，又成为讨袁军总司令部，黄兴、何海鸣先后任司令。
1913年至1927年，这里先后成为江苏都督府、江苏督军署、江苏将军府、江苏督办公署、副总统府、宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等机构。军政主官有程德全、张勋、李纯、齐燮元、卢永祥、冯国璋、孙传芳、杨宇霆、张宗昌等人。
1927年4月南京国民政府成立后不久，即于9月移驻这里办公。1928年10月，国民政府实行五院制，?辟国民政府东院（东花园）为行政院办公处 ，国府西院（西花园）为国民政府参谋本部和主计处。至1937年11月，谭延闿、蒋介石、林森先后任国民政府主席；谭延闿、宋子文、蒋介石、陈铭枢（代理）、孙科、汪精卫先后任行政院长 ；李济深、何应钦、朱培德、蒋介石、程潜先后任总参谋长；陈其采为主计长。1937年12月国民政府的统治中心—南京沦陷后。1938年3月28日梁鸿志等人在南京成立中华民国维新政府傀儡政权。1940年3月和另一傀儡政权中华民国临时政府并入汪精卫的南京国民政府。1946年5月，国民政府还都南京后，这里仍为国民政府所在地。1949年4月23日，人民解放军解放南京，攻占总统府。南京解放后的近50年中，总统府一直作为机关的办公场所。自20世纪80年代以来，机关单位陆续搬迁，并于1998年在总统府旧址之上，开始筹建南京中国近代史博物馆。
总统府博物馆占地面积9万平方米，共分东、中、西三个区域，设有一系列展馆和史料陈列。中区主要是国民政府、总统府及所属机构，西区是孙中山临时大总统办公室、秘书处、西花园以及参谋本部等，东区主要是行政院旧址、马厩和东花园。另外还设有洪秀全与天朝宫殿历史陈列馆。以天王宝座、书房、后宫、机密房等模拟景观，再现了天朝宫殿的昔日辉煌；此外，洪秀全在广东、广西、湖北等地居住过的几处建筑遗存模型，展示了太平天国的发展和演变的历史轨迹。展览还陈列了一些文物图片资料，反映了太平天国在天京的一些历史事件。