按西藏习惯，完整的寺院必须具有佛、法、僧三宝。平时没有僧人常住，实际上只能称之为“神龛”或“法台”。桑耶寺可算是西藏寺庙之祖，因为桑耶寺建成之后便具有佛、法、僧三宝。而有些寺虽然建寺时间早一些，但在桑耶寺之前没有具备三宝。

寺内有许多珍贵文物，如壁画、唐卡、法器等。这第一座寺内到处有精致的彩绘壁画。壁画题材除其它寺院常见的外，还有“西藏史画”、“桑耶史画”、“莲花生传”、“舞蹈杂技”、“体育活动”等。