1899年，绥芬河站建站，中东铁路时期称五站，边境站，即从俄罗斯海参崴排序第五站而得名。俄罗斯人一度称其为“边境站”。绥芬河站是中东铁路东部线终点车站，过境与俄罗斯铁路相连，时为二等站。

在绥芬河，有一段铁路是全国唯一的一套骑马式双道铁轨，这里就是三号隧道。三号隧道洞口两侧分别刻有始建1899年10月和竣工于1902年的时间标记。皑皑白雪中，一宽一窄套排的两条铁轨由此进入幽深的洞口。

驻守在这里的某部排长向记者介绍，宽窄不同的铁轨正是中俄两国不同轨距的两条铁路，这段铁路是全国唯一的一套骑马式双道铁轨，隧道长约百米，出口距离国境线500米，是东部线的第一个隧道。

这里也是我国唯一由陆军驻守的隧道，其余隧道都是由武警驻守的。1936年，这个隧道曾被侵华日军封死，断绝了中苏的铁路运输，直到1945年8月才打开。

绥芬河站候车室，建于本世纪初，属俄罗斯风格新艺术运动建筑，与满洲里站采用统一设计图纸，作为边境一等站，装饰有华丽的雨搭，依山而建，充分利用地形优势，与环境和谐共存，形成艺术画卷。南北走向，约长40米。西通铁路站台，东门临街，南北二层楼。候车室为钢铁拱梁，室内宽敞空阔，多饰几何浮雕。候车室西侧正中门上有阳文汉字“绥芬河”，下是俄文。车站依山而建，旅客由月台登台阶出站。站舍虽有部分立面有较大改变。但整体结构和风貌依存，功能性不减。站舍墙面强调垂直划分，壁柱装饰，女儿墙高低错落，山墙和窗采用曲线构图，具有新艺术运动建筑特点。窗楣采用俄式传统图形装饰，色彩采用白色墙面、灰色点缀，体现出庄重典雅气氛。室内大跨度钢梁屋架，宽敞明亮；门窗厚重，室内几何型浮雕；围镶黄色木质墙裙，庄重华贵；黑白相间地砖凸显出俄罗斯建筑特有风采。

2015年底，牡绥铁路扩能改造工程完成，新建绥芬河站，绥芬河站年货物吞吐能力提升至5000万吨，年客运能力1680万人。口岸站的全体员工本着“热情、便捷、 舒适、形美”的服务宗旨，为全社会各界人士提供优质的服务 。

绥芬河站房综合楼总建筑面积21659平方米，于2014年4月1日正式开工建设，于2015年12月投入使用 。总投资2.68亿元人民币。

绥芬河既是中国东北地区对外开放，参与国际分工的重要窗口和桥梁，也是承接我国振兴东北和俄罗斯开发远东两大战略的重要节点城市，被誉为连接东北亚和走向亚太地区的“黄金通道”，牡绥铁路的改造升级必然会强化这一地位。

绥芬河站既是中俄边境的口岸站，又是牡绥铁路扩能改造项目全线最大的站房。

绥芬河站新站房于2014年4月1日正式开工建设，2015年12月28日投入使用。