佐孜寺位於西藏昌都地區昌都縣東北方一百公里處，該寺地處風景優美，鮮花盛開的草原上。是一個自然生態條件優越的道場。

該寺為藏傳佛教噶舉派四大法脈中噶瑪噶舉派的寺院。早在藏王松贊干布從漢地迎請大昭寺釋迦牟尼佛像時，由天喜、龍喜兩位大力士推車入藏，天喜在藏地成家立業，子名南卡桑夏，彼子蒙那嘉波，他娶羅刹王之公主為妻，後生九子，其幼子又生二子，其次子在國王赤松德贊持政，蓮花生大師入藏期間，曾為多康六崗的守護者，其子多欽贊德，也是藏地著名大勇士，其後代為當今拉托紮桑家族。

在藏曆第七勝生鐵蛇年，即西元1401年初，此家族初建卓智寺道場後，由永、嘉、培三位大成就者先後住持。在西元1729年依大司徒仁波切秋吉炯內的意願，由第一世吉仲仁波切接管，並塑造了經堂，建立了數百人的僧團。但後來在1959年本寺遭到了空前的浩劫，經堂與一切三寶所依被毀。從1985年開始，第七世吉仲仁波切對寺廟開始了複修工程。由仁波切的恩德現今該寺建有大經堂、講經院、護法殿、那洛與甯古六法兩處禪修院(閉關房)、吉仲活佛寢宮等。該寺在昌都地區屬於較大規模的噶舉派寺院。

噶举派是公元十一、二世纪佛教后弘时期发展起来的新译密咒派，其创始人一是穹布郎觉巴，二是玛巴罗咱互。他们两人曾先后多次到尼泊尔和印度等地，依出名师学习密法，主要得到《四大语旨教授》。《语旨》是佛语的意旨，由祖师口语相传，法脉不断逐称语传，藏名叫噶举。后来香巴在后藏发展形成为一个传承系统，称为香巴噶举，玛巴在前藏发展形成一个传承系统，称为达布噶举，虽然门户不同，但由于两人的大法均出自一个来源，又都领悟了语旨传承，所以称为噶举巴。
噶举派的经典和教法都来源于印度，合称为四大语旨。玛巴派语旨的教授有《大手印》和《那若六法》。《六法》所依的密乘经典有父续《密集》，母续《摩河摩耶》，心要续《胜乐》、《喜金刚》、《怖畏金刚》、《金刚空行母》、《时轮金刚》。其它本尊和护法有《六臂大黑天》、《金刚亥母》、《四座》、《观音马头金刚》、《无身空行法类》、《无我母》、《泽仁五姊妹》等。教授内有《噶白》、《解脱点》、《桑布扎》《笃哈藏》、《六法幻身》、《六法梦境修》、《迁识》。香巴噶举亦系语旨传承，故其续经与玛巴噶举相同。其教授类则有《幻身大灌顶》、《空行五教》、《大手印盒》、《尼古六法》、《幻身道》、《不死幻轮》、《四过》、《转为道用》、《六臂大黑天》、《胜乐五尊》、《亥母秘修》、《观世音》、《摧破金刚》、《金刚手》、《不动尊》、《三身自现》等。
香巴举的传承系统示图如下：
香巴噶举《穹布噶举》→香派七宝传→
达布噶举的四大八小系统示图如下：
玛巴、米拉日巴、达布拉吉、→
达布拉吉的门徒不少，其中噶玛巴，蔡巴，鲍绒，帕竹等四人又分别在康藏各地建寺弘法，形成了四个支系，其中帕竹又分出八个小系。虽然噶举一派支系若干，但主要宗旨仍以奉行语旨为正修根本，其差别之处是为了随顺机宜的领悟程度和接受能力，先用善巧的导引方法，引导行人逐渐趋入大印，由于根基不同，方法也不同，各树独特风规，逐产生派别。
 

噶玛噶举派是由达布噶举传承而来的，达布噶举本来创始于玛巴泽师和米拉日巴二人，但他们二人均未广修寺庙，招聚僧团，故传法事业并无大的发展，到他们第三代达布拉吉时，才在达布地区建立冈布寺，广聚徒众，宏传玛米二人之教法，一时法缘兴盛，此时才传出达布噶举之名。后来他的法嗣发展的支系颇多，通常有四系八支之称，遍布于阿里，卫藏，康、青等地，至今未衰。
达布拉吉的弟子都松钦巴为多康人，本名却吉扎巴。他先依阿底峡弟子越却旺学噶当派教授和显教大手印。又依多师学显教经论，三十岁时参见达布拉吉获大手印要旨。又往洛若参拜热穹巴，尽学那若巴与弥勒巴所传《六法》和《大手印》教授，1147年在昌都类伍齐建噶玛拉顶寺。后又在前藏建楚布寺，收徒传法，逐渐形成噶玛噶举派。
他的二传弟子桑结热钦，桑结弟子邦扎巴，邦扎巴弟子为噶玛拨希。传说噶玛拔希是都松钦巴的转世，从噶玛拨希起开始创立了活佛转世制来继续法位。以后又出了黑帽系和红帽系两个活佛系统。黑帽活佛第三世让炯多吉的弟子扎巴僧格，曾被元朝封为国师，赐红帽，故有红帽转世系统。
黑帽系活佛从创立转世制度至今已传十七代即现今的大宝法王噶玛巴邬金赤烈多吉。康区拉多卓智寺的吉仲仁波切在第一世时师从第七世大宝法王学习，以后仁波切又担任第八世大宝法王的亲教师，有着互为上师的关系，所以卓智寺的传承以噶玛噶举为主，一直延续至今。