超氧化物歧化酶按其所含金属辅基不同可分为三种，第一种是含铜（Cu）锌（Zn）金属辅基的称（Cu.Zn—SOD），最为常见的一种酶，呈绿色，主要存在于机体细胞浆中；第二种是是含锰（Mn）金属辅基的称（Mn—SOD），呈紫色，存在于真核细胞的线粒体和原核细胞内；第三种是含铁（Fe）金属辅基的称（Fe—SOD），呈黄褐色，存在于原核细胞中。介绍以上三种状态SOD的分子量和结构图。

Cu.Zn—SOD的分子量和结构图：

分子量为32000左右. 是由两个亚基组成,每个亚基含一个铜原子和一相对个锌原子，前者参与电子传递，后者与保持酶活性中心构象有关。

相同亚基之间是通过非共价的疏水作用而蒂合,共有12-14个疏水的氨基酸残基的侧链提供范德华力,肽链内部有二硫键,对于亚基的缔合起重要作用.

结构特征:由八股反平行的β折叠围成的圆桶状结构之为β-桶含α螺旋成分很少,主要是β折叠.  例如牛Cu.Zn-SOD一个亚基中β折叠占47%, α螺旋占14%, β转角占17%,其余是无规卷曲.

组成特点:富含甘氨酸.例如:在牛红细胞中, Cu.Zn-SOD的每个亚基                                 151个氨基酸中就有25个,占总数的1/6,而且平均分布在整个序列中，甘氨酸的大量存在和均匀分布对于酶分子的高级结构的形成有重要关系，分子中一般没有或含有很少的洛氨酸和色氨酸。

分子中存在Cu.Zn相连的咪唑桥,是SOD的活性中心

Fe-SOD和Mn-SOD的分子量以及结构图

特征:结构较多Trp和Tyr.

二者许多性质相似,均含有较多的α螺旋(>32%)而β折叠较少,且结构中不含象Cu.Zn-SOD中的那种八股反平行的β-桶.活性决定与于所包含的金属离子

Mn-SOD：由4个亚基组成，相对分子质量约80000,每分子含2原子Mn2+。二级结构中含有较多的α-螺旋，较少的β-折叠。

Fe-SOD:相对分子质量多为40000左右，由二亚基组成，每亚基含铁1原子。其结构中也含有较多的α-螺旋，较少的β-折叠。

科学研究表明二者来自一个共同的祖先:任何生物来源的Fe-SOD和Mn-SOD的一级结构同一性很高。