《心印经》由四言韵文组成，共50句，全经200字。讲述道教修炼的方法及理论，十分精要。经文首先指出“上药三品神与炁精”。说明精、炁、神是人身的三品“上药”，然后以此作为药物，修炼内丹。接着论述内丹炼养过程中的精神境界，就是“恍恍惚惚杳杳冥冥”。修真之士以“存无守有”为诀要，先天大药“顷刻而成”。然后用“回风混合”的方法，百日炼就大丹，十二年后，即可道成飞升。从此“一得永得，自然身轻，太和充盈，骨散寒琼。”乃到“神可入石神可飞行 入水不溺入火不焚”不受造化限制，了道成仙。经中还提示了精、炁、神、形四者之间的关系，即“神依形生，精依炁盈”。最后说出“诵持万遍，妙理自明。”强调对此经不但要“诵”（读诵），更重要还是要“持”（修持）。

  上药三品 神与气精 恍恍惚惚 杳杳冥冥 存无守有 顷刻而成

　回风混合 百日功灵 默朝上帝 一纪飞升 智者易悟 昧者难行

　履践天光 呼吸育清 出玄入牝 若亡若存 绵绵不绝 固蒂深根

　人各有精 精合其神 神合其气 气合其真 不得其真 皆是强名

　神能入石 神能飞行 入水不溺 入火不焚 神依形生 精依气盈

　不凋不残 松柏青青 三品一理 妙不可听 其聚则有 其散则零

　七窍相通 窍窍光明 圣日圣月 照耀金庭 一得永得 自然身轻

　太和充溢 骨散寒琼 得丹则灵 不得则倾 丹在身中 非白非青

　诵持万遍 妙理自明