中国各地中医草医使用数种不同的蒿草以“青蒿”入药。从1593年出版李时珍《本草纲目》至1975年的近400年的历史中，青蒿( 又名香蒿，拉丁学名Artemisia apiacea Hance）一直被尊为正品 。青蒿：又名香蒿。为菊科植物青蒿( Artemisia apiacea Hance）的全草。主产于安徽、河南、江苏、河北、陕西、山西等地。不含青蒿素。但目前除提取青蒿素在使用黄花蒿外，中药依然沿用青蒿(Artemisia apiacea Hance)入药。

　　过去，黄花蒿( 又名臭蒿，拉丁学名Artemisia annua L.）连假药资格都没有，因其臭味大，只是用它薰蚊子。1973年新年，罗泽渊发现黄花蒿中提取的的结晶抗很好的抗疟作用。罗开均将苦蒿的植物标本送请著名分类专家吴征镒教授鉴定，定名为菊科蒿雪大头黄花蒿。因此，他们将该结晶命名为黄花蒿素。黄花蒿又名臭蒿、苦蒿。为菊科植物黄花蒿( Artemisia annua L.）的全草。商品均以色青绿、干燥、质嫩、未开花、气味浓郁者为佳，含青蒿素。黄花蒿随之声名远播。
　 二十世纪七十年代以前出版的中文版中药书籍中的药用“青蒿”只有一种，即青蒿( 香蒿）：Artemisia apiacea Hance。在发现青蒿素以后，二十世纪七十年代以后出版的中药书籍将入药“青蒿”改为：“包括青蒿( Artemisia apiacea Hance）和黄花蒿( Artemisia annua L.），两种均可入药”。
　　中华人民共和国卫生部编撰《中华人民共和国药典中药彩色图集》 ( 1990年版）时将药用“青蒿”定为：“本品为菊科植物黄花蒿Artemisia annua L.的干燥地上部分”，不再提Artemisia apiacea Hance。从此中药的‘青蒿’ 变成了‘黄花蒿’。
　　另外，牡蒿为菊科植物牡蒿( Artemisia japonica Thunb.）的全草，在江苏、上海、四川等地药材市场上作“青蒿”使用；茵陈蒿为菊科植物茵陈蒿(Artemisia capillaris Thunb.)的全草，东北地区常作“青蒿”入药；小花蒿为菊科植物小花蒿(Artemisia parviflora R.)的全草，《滇南本草》以青蒿收载，云南昆明亦称此为青蒿。
 

    在以上提到的五种蒿草中，只有黄花蒿( 臭蒿)含青蒿素。