为分子对接做准备，主要包括两个方面：
一个是准备小分子配体文件。这个包括构建三维结构（包括从二维转三维），加氢、加电荷及简单优化。二维转三维的软件很多，最著名的有corina和corcood。不过这两个都不是免费的。corina的网站上有免费转换的在线版，同一个IP可以免费转换1000个分子。
另外，就是把构建好的二维分子拷贝入chem3D，来构建三维分子。
小分子配体也有现成的数据库，包括你提过的ZINC，另外，ACD,MDDR以及NCI等都提供三维数据库。不过，能从ZINC上下载最好，因为氢原子和电荷都是加好的，用起来很方便，而且，购买也很方便。
另一个就是准备受体文件。这个麻烦一些。说麻烦主要有几个方面。每个分子对接软件对受体的文件格式都要求不一样。
比如，对于autodock，需要的是蛋白的mol2文件，而且是加极性氢（essential hydrogen），gold也需要蛋白的mol2文件，不过是加全氢（all hydrogen）。对于dock，则需要蛋白的pdb文件，加全氢。mvd和ehits比较方便，只要是从pdb数据库中直接下载晶体结构就可以使用。
相对来说，这两个软件不需要对输入结构进行处理，通过软件的功能和一些命令就可以实现。ehits是免费的，mvd可以申请1个月的试用版。
还有一个hyperchem，对接效果不错，可以申请试用版。最新版本7.5，目前国内可以找到pj版。

想要实现上面的受体输入格式，一个趁手的软件是不可少的。平时人们总在使用的是sybyl、icm、ds1.6等，不过，这些都是商业的。免费的如pmol2q可以实现简单的加氢、加电荷功能，效果不错，不过没有优化功能。可以使用hyperchem进行能量优化，不过速度令人难以忍受。

好在对于虚拟筛选来说，准备受体是一劳永逸的事情。所以，你只要想办法按照上面的要求把受体的输入文件准备好了，日后就可以一直使用。
再说一句，受体也有一些现成的数据库，比如pdbbind，目前由密西根大学Dr. Shaomeng Wang课题组维护，是当初王任小博士在读博士后的时候构建的。主要是从pdb数据库中提取一些可用的（主要是可信度比较高，适合用于分子模拟的)晶体结构，提取处配体(ligand)、蛋白(protein)和活性口袋(pocket)，加氢、加电荷，可以直接用于分子模拟。推荐你试一下。
网站需要注册，对学术用户免费。如果你需要什么蛋白的晶体结构，我可以帮你检索下载。