MethylKit是一个对硫化测序结果，即sam格式文件处理的一个R工具包，具体methylKit安装步骤，这里就不多说了，网址为：http://code.google.com/p/methylkit/，具体见installation部分，下面着重介绍其用法：（linux高性能计算机下运行）

1.首先准备好所需要的数据：

bismark生成的数据：test1.sam test2.sam

#若有问题见bismark软件http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/#

2.对sam格式数据按染色体排序

linux下命令为：

grep -r '^[[:space:]]*@ test1.sam | sort -k3,3 -k4,4n > test1.sorted.sam

grep -r '^[[:space:]]*@ test2.sam | sort -k3,3 -k4,4n > test2.sorted.sam

#注：在sort时，可能会提示临时文件太大，磁盘空间不够，这时解决的办法就是在sort后加上“-T 路径”参数，指定sort时临时文件的路径，本人就碰到过这个问题。

3.进入R

>library（methylKit）

>read.bismark("/share/nas1/fansh/wuzefeng/softs/bismark_v0.7.9/test1.sorted.sam","test1",assembly="TAIR10",save.folder="/share/nas1/fansh/wuzefeng/softs/bismark_v0.7.9/R",save.context="CpG",read.context="none")

>read.bismark("/share/nas1/fansh/wuzefeng/softs/bismark_v0.7.9/test2.sorted.sam","test2",assembly="TAIR10",save.folder="/share/nas1/fansh/wuzefeng/softs/bismark_v0.7.9/R",save.context="CpG",read.context="none")

# 说明：第一个逗号前面是第2步得到的俩个文件的路径。"test1 or test2"是指定样品编号，assembly是指定你研究物种的组装参考标志，例如：拟南芥为TAIR10。save.folder 指定生成文件（含有每个碱基甲基化水平）的路径，save.context指定你研究的甲基化类型（包括CpG,CHH,CHG)

4.将第三步生成的test1_CpG.txt和test2_CpG.txt两个文件拷贝到methylKit路径下（在拷贝之前可以先在methylkit目录下建立一个文件夹如：test）的test文件夹下.(所以先得找到methylKit安装目录）

$   cp text1_CpG.txt test2_CpG.txt  /...../methyKit/test

5.进入R

>library（methyKit）

>file.list=list(system.file("test","text1_CpG.txt",package="methyKit"),system.file("test","text2_CpG.txt",package="methyKit"))

#这步是把俩个文件形成一个列表list#

>myobj=read(file.list,sample.id=list("test1","test2"),assembly=""TAIR10",pipline="amp",treatment=c(1,0))

#这步是把列表里的数据读进去

>getMethylationStats(myobj[[1]],plot=T,both.strand=F)

#这步是画出甲基化水平的直方图

http://s1/mw690/5fa432b4ge0fba0282900&690

其他功能就不一一列举了，所以：想用methylKit处理bismark生成的sam格式数据，必须得正确安装methylKit，然后是数据的导入这步也很重要。ok，就写到这里，有什么问题可以留言！水平有限，错误难免，敬请批评指正！