正因为如此，其教堂的风格与一般的罗马天主教堂有很大的差异。威尼斯圣马可教堂的基本布局模仿的是土耳其伊斯坦布尔的神圣使徒教堂或者说是东正教教堂的布局，希腊十字正方形结构。教堂顶部是五个圆顶组成的十字。

13世纪时，即十字军第四次东征返回后。威尼斯人从东方带回了旧约全书创世纪的希腊手稿。他们在教堂上增加了前厅，将创世纪的内容绘制下来。此时的教堂变成了一份长方形，具有了意大利教堂的风格。同时，教堂正面工程也同时完工。这个正面有着明显的哥特式风格，例如带有尖拱的弧形门楣，尖拱形状的屋顶。

威尼斯人从古罗马时期就已信奉基督教。公元828年威尼斯商人将基督使徒之一的圣人马可遗骨，从埃及亚历山大港偷运到威尼斯。威尼斯总督下令修建圣马可教堂，埋葬圣人马可的遗骨。从此之后，圣人马可成为了威尼斯的保护神。

      教堂正面中央的尖拱屋顶上站立的就是圣人马可雕像，两侧的尖拱是四名基督教战士。中央大门阳台上有四匹战马雕像，象征着四名战士的坐骑。他们与圣人马可共同保佑威尼斯的和平环境。

      五个大门的门楣上描绘了圣人马可的生活，其中最左边的门楣上反映的是圣人马可参加总督加冕礼仪式后离开时的场景。这是从13世纪以来唯一保存到现在的画面。

      教堂内部最具特色的是镀金的马赛克画面，覆盖了整个天花板和四周的墙上。因此，人们称这个教堂为“黄金教堂”。

祭坛上方的后殿天花板上描绘着耶稣，其周围是先知、圣母玛利亚以及四位福音书的作者。中央圆顶上绘制的是耶稣升天（Ascension of Jesus）。祭坛背后则是耶稣的画像。而前殿的圆顶上有圣灵降临的画面，12名使徒得到了圣灵的力量。这也象征着基督教的诞生。在两翼上，包含了圣母玛利亚、四位福音书使徒、耶稣之父等生活的场景。

圣马可教堂还有一个细节值得关注。意大利教堂通常使用石头建成，但圣马可教堂外表是石头，里边多使用的是木头。因为圣马可教堂是建在沼泽地上，地基的强度不够。所以圣马可教堂在安全上存在隐患，曾先后多次被烧毁。

据说，圣马可教堂是世界上仍使用拉丁语进行礼拜活动的少数几个教堂。由于现代人几乎已经不使用拉丁语了。也许通过亲身观摩的手段，可以了解远在上千年前的礼拜活动到底是什么样？