最初的利玛窦墓，墓穴为长方形，坐北朝南。墓后建有西式拱顶六角亭，供奉十字架。墓前列有石供及明顺天府尹王应麟撰书的石碑1通。整个墓地以砖墙围绕，南门外有一石墁甬道，墓前立有石门牌坊1座，大书“钦赐”2字。故后人又称为石门墓地。明及清的一些外国传教士相继葬于此墓地中。1984年墓地被修复，重修的墓地分为坐北朝南、东西毗连的2个墓院，四周皆以砖砌花墙围绕。东院南北长25.7米、东西宽15.5米，为利类思等60位明清传教士墓碑碑林。西院较东院向北缩进15米，为利玛窦、汤若望、南怀仁3位传教士的墓院，其中利玛窦墓居中，汤若望与南怀仁墓分列右、左两侧。三墓均为前碑后冢格局。