普度寺明末被毁，清顺治初年改建为摄政王多尔衮之睿亲王府。顺治七年（1650年）多尔衮死于喀噶城。二月后追夺王爵，王府上缴。康熙三十二年（1694年），缩小规模，将南部改建为缎匹库，北部改建为玛哈噶喇庙，供奉护法神大黑天。乾隆四十年（1755年）赐名“普度寺”，正殿名“慈济殿”，在正殿、山门两侧保留或兴建了行宫院、方丈院、小佛殿及僧寮等。在清末至民国年间已为军队或其他机构使用，只有山门、正殿、方丈院等保存较好，其余部分或拆或改，失去原状。建国后，中间部分为小学使用，周边进入居民，新建了大量平房。2002-2003年，政府投资迁出小学和住在寺界以内的168户居民，全面修复了台基、正殿、山门和方丈院北房，其余房屋基址在取得考古资料后回填保护。