明代书院教学内容有以上三个阶段的变化，但是书院所使用的教材却与地方儒学相似，都以儒家经典为主。与地方学校不同的是，书院的教学方法灵活多样，很有特点。（1）书院的教材明代书院的教材，主要是儒家的经典，但在读书的次序上有自己的特色，我们以明中叶湛若水主持的广东西樵大科书院为例，略作介绍。
　　湛若水在大科书院讲学时规定，生徒所研习的教材为"四书"、"五经"等，并规定了生徒的读书次序，即生徒先读《论语》、《大学》，次读《中庸》、《孟子》。书院中的生徒，也是人专一经，在熟读本经、"四书"的基础上，还提倡旁通其他四部经书及《性理大全》、《史记》、《五伦书》等著作。大科书院鼓励生徒参加科举考试，又因科举考试以宋儒朱熹所著《大学章句》一书为《大学》的标准解释，所以书院鼓励生徒习读《大学章句》。同时，朱熹的解释不可能尽如《大学》一书的原意，因此书院也鼓励生徒研读古　本《大学》。
　　此外，大科书院要求生徒躬亲细事，凡兵、农、钱、谷、水利、马政之类，以及综理家务，都要认真讲求，以备他日为官、行政之用。大科书院也禁止生徒读某些著作，如仙、释、《庄子》、《列子》一类著作。他们认为这类著作，扰乱儒家的伦理名教，败坏世人的心术，分散诸生求道明德的精神，因此诸生不可泛读。
　　关于书院生徒每日的功课，不同的书院有不同的规定。王阳明讲学时把生徒每天的课程分为五部分，一为明德，二为背书、诵书，三为习礼或作课艺，四为复诵书、讲书，五为歌诗。湛若水在大科书院讲学时，也将生徒每日功课分为五部分，一为诵书，二为看书，三为作文，四为默作思索，五为温书。从每日功课来看，书院的教学活动较为丰富多彩。
　　有明一代的书院以教育生徒的书院为主，这类书院是有教材的，已如上述。此外，还有一些讲会式的书院。这类书院平时并没有固定的生徒，只是到了会讲之期，学者从各地汇集在一起，听主讲的名儒讲说、问难。因此，这类书院并没有固定教材，一般预先标出自己主讲的"话头"，然后就"话头"开讲，阳明心学等为明中叶会讲的主要内容。
　　（2）教学特点明代书院所使用的教材虽仍为儒家经典，但明中后期对儒家经典的解释，已超越了程朱理学的俗套，有新的内容，能够吸引对程朱理学不满的学者。不仅如此，书院的教学方法也比较灵活多样，能够调动生徒的学习积极性，很有特色。
　　第一，书院是新的学术思想的传播场所，也是一个教学场所，学术研究、传播在教育生徒中自然而然地进行。这一特点，既有利于新的学术思想的传播，又促使生徒掌握、继承新的学术思想。
　　明代书院的兴起、发展，与新的学术思想的产生、传播密切相关。明中叶王阳明心学兴起，克服了死记硬背程朱理学的弊病，使沉闷的学术思想、教育界产生了新的思想火花，并很快形成了燎原之势，以致于明中后期很少有人仍笃信程朱理学。新的学术思想的传播，使明代书院的教学充满生机和活力，吸引了大批生徒，这也促进了书院的发展。
　　同时，与官学相比，书院的教学相对自由些，不同的学术思想在此交流、辩难，既活泼了教学的气氛，也使生徒学到不同的学说。明代的书院一般为著名学者讲学的地方，他们欢迎其他学者在本人主讲的书院中讲学。如著名学者湛若水在广东大科书院讲学时规定，凡远方及附近有德行道艺先觉之人，可以充作人师的，一定要恭恭敬敬地聘请他们登堂讲书，以使生徒增进学问，闻前所未闻的道理。
　　第二，书院广泛接纳全国各地的学者，生徒可以不受地域和学派的限制，自由听讲。这就调动了生徒学习的积极性和主动性，使他们对自己感兴趣的学说认真听讲、学习。
　　一般说来，书院中教学、讲学的人都是当时的著名学者，有较高的学术造诣。因此，每当他们讲学时，其他书院儒学的师生、学者往往自愿前来听讲、问难。如王守仁在巡抚南安、赣州等地任内，讲学于濂溪书院，四方学者前来听讲，以致于讲堂都容纳不下。讲学于稽山书院时，远在湖广、广东、直隶、江西等地的学者，也前往听讲，听众多达三百余人。嘉靖时，大学士徐阶在京师灵济宫组织讲会，轰动了朝野，前来听讲的官员、儒士多达五千余人。顾宪成讲学于东林书院，得到了四方学者的广泛响应，前往听讲的学者、师生多至讲堂容纳不下。书院的这种自由听讲之风，使生徒们能够及时了解各种学说，掌握最新的学术研究成　果，既增加了生徒的知识，又提高了生徒学习和研究的兴趣。
　　明代的书院，一般来讲，都欢迎、鼓励各地学者、师生前来听讲。如东林书院所制订的会约中就有"崇九益"之条文，就是要提倡、发扬书院讲学的九大好处：讲学可以使各地学者以道义相切磨，人人都可以做圣贤，强调不论是宿学硕儒，还是草野齐民，乃至于总角童子，都可以前往听讲。湛若水在广东大科书院讲学时，为大科书院所订学规也规定，四方儒士、儒学生员前来听讲，书院并不反对，并提供必要的食宿条件。
　　正是由于书院的师生有较为自由讲学、听讲的权力（相对于当时官学而言），教师是当时著名的学者，有着广泛的社会影响与号召力，能够引起书院中的生徒及其他儒士、学者前来听讲，而生徒、儒士和学者既然自愿而来，自然对主讲人及演讲内容感兴趣，所以教学效果相对要好些。书院教学效果与明中后期官学的教学效果恰成鲜明的对比。明中叶以后，官学教官的选授，"不论德行，不问道艺，卒然而命之，持牒而来，据座而坐。。。夫人不服其心，则一日不能安处而为之长。而犹能使相承相邀者，徒以上之命耳，岂其心哉！豪杰之士，于是舍去，别求所谓德行道艺者而师之，徘徊于山林之中，栖迟于佛、老之宫，所托甚高，而所服甚固，回视黌序若凂已也。"①第三，书院采取了灵活多样的教学方法，提高了学生的学习兴趣，培养了学生的能力，这比一般儒学只注重背诵、习作八股文要高明多了。
　　明代著名学者王阳明就很注重教学方法。关于儿童教育，他认为：当时教育儿童只是每天督促他们读书习字，严加管束；稍有过误，则严加体罚，鞭打绳缚，像对待囚徒一样。这就使儿童把学校看成牢狱，不愿意上学读书；把老师看成仇敌，惟恐逃避不及。这种教学方法是不会成功的。他提出教育儿童要根据儿童心理、生理特点，采用灵活多样的教学方法：根据儿童乐于游戏，害怕拘束的特点，采用"歌诗"的教育方法，使儿童心情高兴，乐于学习；根据儿童灵活好动的特点，训练他们礼仪行为，既可以锻炼儿童的筋骨，又可以严肃学校的威仪；劝导儿童读书，可以使儿童增加聪明才智，也可以使儿童表达自己的志向。这样"歌诗"、"习礼"、"读书"交替进行，教学形式、内容灵活多样，自然容易提高学生的学习兴趣，收到较为满意的教学效果。关于教学的程序，王守仁指出：每天首先要参揖行礼；其次是教读，在教读时老师要先提出问题，让学生回答，然后再进行讲授、启发；最后让学生复习巩固。
　　王守仁在书院讲学中，也根据生徒的特点因材施教。凡是来求学的人，王守仁先让大弟子钱德洪、王畿对他们进行启蒙教育，疏通大旨，然后才亲自讲授。王守仁在讲学中，根据学生理解能力的高下，采用了不同的教育方法。在王守仁生前最后一次出征思田前，弟子钱德洪、王畿亲送老师于天泉桥上，并请教师门教育之法，他们分别提了四句偈语，以就正于老师。钱德洪的偈语是：无善无恶心之体，有善有恶意之动；知善知恶是良知，为善去恶是格物。钱氏认为这四句话是师门的定法，不能稍微改变。王畿却认为，这只是权宜之法，师门的定法则是：体用显微，只是一机；心意知物，只是一事。若悟得心是无善无恶之心，意亦是无善无恶之意，知亦是无善无恶之知，物亦是无善无恶之物。
　　这两种说法，即是天泉证道所留下的著名偈语，即四有说与四无说。对
　　①　叶春及：《重师儒策》，《明经世文编》卷三百六十六，中华书局1962　年版，第3945　页。这两种说法，王阳明都分别予以肯定，认为它们都含有至理。王阳明进而指出，他的教育方法本来也有两种：四无之说，是为上根之人（即聪慧之士）创立的教育方法，乃是顿悟的教育方法；四有之说乃是对中根以下的人（即普通的读书人）创立的教育方法，要使用为善去恶的修养功夫，逐渐恢复心的本体。这表明了王守仁注意因材施教，他的教学是很有针对性的。
　　与王守仁同时的另一著名学者湛若水，也很注意教育方法。他在讲学时，先令弟子们习礼，然后再听讲。在大科书院的堂训中规定：生徒读书肄业厌倦之时，即使强迫自己坚持读书习字，也不会进步；不如登山玩水，以陶冶性情。游山玩水，也同读书一样，只要方法合理，也可以处处得宜。这种劳逸结合，读书与郊游结合，自然充满了乐趣，使生徒乐于向学。
　　综上所述，书院的教学方法是很有特色的，与官学沉闷单调的教学方法相反，书院的教育内容不时更新，随着时代的发展而发展，很有吸引力；书院的主讲人多是当时名儒，教师能够以学问服人，诸生自愿就学，以崇敬的心情听讲，教学效果与官学无法同日而语了。而且灵活多样、因材施教、劳逸结合的教学方法，又使教学活动充满了乐趣，在欢乐声中得到教益。