RAPD，即随机扩增多态性DNA

(Random Amplified Polymorphic DNA，RAPD)

是由美国杜邦公司的Williams(1990)和加利福尼亚生物研究所Welsh两个小组在PCR技术基础上，发展起来的简便快速的检测DNA多态性的方法。

此技术对基因组的DNA全部进行PCR扩增，以检测多态性。由于整个基因组存在众多反向重复序列，单一随机引物与反向重复序列结合,使重复序列之间的区域得以扩增。

由于该方法可在缺乏任何分子生物学研究背景的物种上应用（构建基因组指纹图谱、阐明物种亲缘关系等），且研究费用低廉，表现出独特的优势，获得了广泛应用。

RAPD标记技术就是用一个（有时用两个）随机引物（一般8～10个碱基）非定点地扩增基因组DNA，然后用凝胶电泳分开扩增片段。

模板DNA经92～94 ℃变性解链,

在足够低的温度下(35～37℃,一般低于40℃)与单个随机引物(一般为10个碱基)退火,如果互补的两条DNA链上的2个退火位点足够接近(约200～2000bp),通过延伸便可扩增出DNA片段。

整个基因组存在众多反向重复序列，单一引物与反向重复序列结合,就会使重复序列之间的区域得以扩增。

如此30次PCR循环也将产生上百万倍的扩增产物。

对于特定引物，

不同生物类群的基因组DNA退火位点总有不同,

能否扩增以及扩增产物的种类、长度就有所不同。

可用电泳检测使用特定引物时DNA能否扩增及扩增片断的（种类）长度的多态性图谱。

通常采用30个以上的随机引物，进行30次以上的扩增, 就可获得一组目标基因组DNA多态性的实验数据。

同一生物类群具有相似的遗传背景，扩增获得的DNA多态性的实验数据也是相似的；

对不同生物类群来说，获得的DNA多态性的实验数据也不相同。

通过对目标基因组DNA进行RAPD扩增获得的DNA多态性实验数据用统计方法处理后（如进行聚类分析，以树状聚类图方式表达等），则可以得到相应的DNA遗传、分类、进化等更多信息。

RAPD分析技术实验流程包括:

(1) 模板DNA的提取纯化；

(2) 用随机引物进行DNA扩增

（不少于30个随机引物）；

(3) 扩增产物的检测；

(4) 用统计方法处理。

为解决RAPD标记的不稳定性问题，Paran和Michelmore(1993) 提出了序列特异性扩增区技术（sequence characterized amplified region，SCAR）。

与RAPD 标记法相比，SCAR标记PCR 反应条件严谨、结果稳定、重复性强，在应用上具有快速、简便、低成本的特点，已成为多种分子标记中的首选标记。

该技术是通过对RAPD扩增产物测序的基础上，设计一对新的引物特异地扩增原引物可扩增的DNA片段。

一对新的引物：分别在原RAPD引物的3’与5’端各延长10～14个碱基，延长后的每个引物为18～24个碱基。

除将引物加以改变以外，还应将PCR 扩增条件加以适当调整：退火温度为60～66 ℃、MgCl2 浓度常为1.5 mmol/L 。…