松果体是大脑的功能结构之一，是整个大脑的指挥塔，是人的第三只眼睛。

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松果体是生物钟调控中心，管理睡眠、月经周期、青春期的到来、智力周期、情绪周期、体力周期。松果体松果体的调节使得人的智力33天一周期，情绪28天一周期，体力23天一周期。依据视网膜照强度调节整个大脑的状态，人的主观感受之一是一天的不同时刻感受不一样，自动管理睡眠时间。睡眠周期在浅度的有梦睡眠与深度的无梦睡眠之间交替。有梦睡眠的时候，θ脑电波最强烈。

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三眼轮也叫“眉轮”、“眉间轮”、“宽恕轮”，照顾着松果体和脑下垂体。在冥想的时候，松果体显著兴奋，θ脑电波强烈，睡眠的状态没有差别。松果体是“向内看”的眼睛，通过观看自己最深处的心灵来了解所有众生，就像通过研究一只小白鼠而明白了所有小白鼠一样。“不出户，知天下；不窥牖，见天道。其出弥远，其知弥少。是以圣人不行而知，不见而名，不为而成。”（《道德经》第四十七章）松果体是性发育的总中枢。性中心的初始位置在海底轮，性中心沿着脊椎的上升，性的喜悦越来越强烈，到达三眼轮的时候，可以体验到强烈的极乐。