努尔哈赤于明万历四十四年（1616）建立后金政权，都城地址几度变迁。

明天启五年（1625）努尔哈赤将后金都城从辽阳迁往沈阳，当时，也称沈阳为“沈京”。

明崇祯七年（1634），清太宗皇太极颁旨，改沈阳名称为“天眷盛京”，简称“盛京”。

明崇祯九年（1636）皇太极改后金国号为清。

明崇祯十七年（1644）清朝入主中原，迁都北京，盛京成了陪都。

陪都这种独特的城市身份，决定了盛京城有北京一样的都城特征，设户、礼、兵、刑、工五部，但是各部不设主官——尚书，只设二把手——侍郎。设“内大臣”为陪都最高官职，做为盛京总管，留守盛京，并管理东北地区的军政事务。因为那时东北的汉人很少，由陪都职能部门管理完全可以胜任；而满洲旗人历来是由八旗制度这个亦军亦民的体制来管理的。

清廷从1644年入主中原始，直至1907年止，在东北地区，不实行关内的行省制（最高官员为总督、巡抚），而是军府制，即东北（各省）的最高长官主要职责是负责地方的镇守防卫，行政事务是兼职。

清顺治三年（1646），盛京陪都的内大臣及五部机构全部撤销。东北地区的最高官职改为盛京昂邦章京（满族名称，意为将军。）。盛京昂邦章京掌管东北地区一切军政事务

清顺治十年（1653），在吉林宁古塔将当地驻防长官改为“宁古塔昂邦章京”，从这时起，东北地区有了两个最高长官；今辽宁省地区的军政事务归盛京昂邦章京管理；今吉林和黑龙江等地区统归宁古塔昂邦章京管辖。那时候吉林地区和黑龙江地区地广人稀，两地区的人口加起来也没有辽宁地区的人口多，所以宁古塔昂邦章京虽然管辖的地区面积大，实际事务要少，其重要性没有盛京昂邦章京大。

由于昂邦章京是武职官员，行政事务不甚擅长，而且精力有限，后来，东北地区经过关内不断向关外移民，人口越来越多，老百姓的日常事务，昂邦章京衙门就管不过来了。

于是，清顺治十四年（1657)，在盛京城里，清廷在昂邦章京衙署下面又设一奉天府，主官名称为奉天府尹。“奉天”寓意“奉天承运”，这也是辽宁及沈阳又名奉天的由来。奉天府管理奉天（辽宁）的行政事务。

清康熙元年（1662），盛京“昂邦章京”官署衙门迁往辽东，因此，改盛京“昂邦章京”这一满族官职名称为汉族名称“镇守辽东等处将军”，简称“辽东将军”。

同一年，“宁古塔昂邦章京”改称为“镇守宁古塔等处将军”，简称“宁古塔将军”。

清康熙三年（1664），清廷在广宁（今辽宁北镇市）设立广宁府，后来广宁府衙移驻到今辽宁锦县那个地方，所以改广宁府为锦州府，锦州府归奉天府节制。

晚清时又陆续设立新民府（厅）、昌图府（厅）、洮南府、海龙府（厅）、凤凰直隶厅、兴京直隶厅；后设立的这六个府（厅）的辖地有许多现在是吉林省的辖地。还设立了辽阳、复州、金州、宁远、义州、辽源、岫岩七个散州，及营口一个散厅。

同年（1664），清廷在奉天府下设承德县，管理盛京城外京畿地区老百姓事务。以后又陆续在全盛京地区设立许多县。

到1907年东北地区改制为止，盛京（辽宁）地区共先后设立承德县、抚顺县、开原县、铁岭县、海城县、盖平县、辽中县、本溪县、锦县、兴城县、广宁县、绥中县、镇安县、彰武县、通化县、怀仁县、辑安县、临江县、安东县、宽甸县、安图县、抚松县、东平县、西丰县、西安县、柳河县、奉化县、怀德县、康平县、靖安县、开通县、安广县、醴泉县、镇东县共34县，其中有些县现在是属于吉林省辖区。

清康熙四年（1665），“镇守辽东等处将军”又改称为“镇守奉天等处将军”，简称“奉天将军”。

清康熙十五年（1676），“宁古塔将军”奉旨移驻吉林乌拉（又称“船厂”，今吉林市），所以，后来人们也称宁古塔将军为吉林将军、船厂将军。

清康熙二十二年（1683），清廷在黑龙江省地区初设“黑龙江将军”，从此时起，吉林省地区和黑龙江省地区分治；“宁古塔将军”不再对黑龙江地区负责；东北地区就开始有三个最高主官了，东北三省的雏形形成了。

清乾隆十二年（1747），“镇守奉天等处将军”官署衙门又迁回盛京，于是，这个官职又改称“盛京将军”。

清乾隆二十二年（1757），宁古塔将军正式更名为“镇守吉林乌拉等处将军”，简称“吉林将军”。

清光绪三十三年（1907）东北地区实行行省制，撤除“盛京将军”，改设东三省总督，统管东三省军政。并设奉天巡抚。

同一年，吉林将军和黑龙江将军也均裁撤。改吉林将军、黑龙江将军为吉林巡抚、黑龙江巡抚。

清宣统二年（1910）奉天巡抚一职撤销，由东三省总督兼奉天巡抚。