到达口岸后,即可进行过关检查,前后数分钟搞定,从香港边检出来之后,会看到香港方的巴士站和的士站.目前香港方面仅开通了三条巴士线接驳深圳湾口岸,而且都仅仅是只能达到新界西北的元朗和屯门等地,稍远一点的仅有香港新机场的巴士.线路分别是B2、B3和B3X，分别前往元朗和屯门，其实B3和B3X线路是一致的，只不过B3X中途一站不停，直接到屯门市中心。B3的终点是屯门码头,单程票价11元，不过有返程优惠，就是如果用八达通付费，单日返程的票价是9元，就是说只要20元就可以往返一次。B2终点是元朗的港铁西铁线站,涂中经过天水围西铁线站.全程也是11元,但是在天水围巴士站下车是8元.  
  
香港方面的巴士直接开到深圳湾口岸港方口岸区，因此不用担心要走路过桥的问题。运营时间基本上与深圳湾口岸的开放时间一致,均是早上6点至午夜0点.由于目前线路较少,再加上发车时间基本间隔都在10分钟以上,所以排队等车的较多,口袋鼓一点的游客,可以选择旁边的的士前往香港各区,红色的是去市区的(九龙,港岛),绿色的是在新界区行驶的,价格也不相同,红色起步15港币,绿色跟深圳的士一样,12.5起步,都是包含2公里的,第三公里起每200米分别是1.4元和1.2元.
  
如果过境后想进入香港市区或者主要景点,交通方面需要转乘,方式有以下几种,由深圳湾口岸坐接驳巴士,可以到达屯门,天水围,元朗,在这三个区,均有九广西铁线(现已合并入地铁公司,统称:港铁)和巴士线来往市区及香港主要景点.港铁西铁线与荃湾线在美孚站(原地铁线)接驳，可在美孚站转乘荃湾线抵达市区各个角落。西铁线在屯门/天水围/元朗三车站上车后在美孚站转乘,抵达市区内各主要购物区及观光景点的价格视地铁站数不同而不同，例如:屯门/天水围/元朗--旺角的港铁票价为15元;屯门/天水围/元朗--尖沙咀为16.8元;屯门/天水围/元朗--中环/金钟/湾仔/铜锣湾为21.9元,以上为铁路的交通方式.（参见http://www.mtr.com.hk）
    
另外可结合巴士.
1.到港岛(中环,湾仔,铜锣湾,北角)
从深圳湾口岸坐B2大巴到天水围西铁站，票价8元,走天桥到对面换城巴969到铜锣湾票价20.7,同线路途径中环和湾仔.全程需花费28.7元.用时约70分钟.

2.到尖沙咀
2.1 从深圳湾口岸坐B2大巴到天水围西铁站，票价8元,坐西铁线到美孚站换乘荃湾线到尖沙咀,16.8元.全程需花费24.8元.全程用时约50分钟.
2.2 从深圳湾口岸坐B2大巴到天水围港铁西铁线站，票价8元,坐港铁到南昌站(西铁线的终点站),票价12.9元，D出口上到路面换乘东铁线的接驳巴士K16到尖沙咀(东铁线尖东站K出口)，换乘K16是免费的。这里插一句:如果当天回程还走深圳湾口岸的话，可以在任意港铁西铁线路各站购买“自悠通”车票（$20），当天可以无限次搭乘西铁线路、免费搭乘港铁新界西北巴士以及K16,如此更为节省。如果买不到“自悠通”车票,用八达通也很省钱方便,回深圳湾口岸也可以按此方式回去,这样的全程(单程)仅花费20.9元,即可抵达九龙半岛最南端尖沙咀商业区,非常经济.全程用时约60分钟.

3.到海洋公园
3.1  从深圳湾口岸坐B2大巴到天水围西铁站，票价8元,坐港铁西铁线到美孚站换荃湾线到金钟站,21.9元,再换乘629专线大巴到达海洋公园,票价为10.6.全程需花费40.5元.全程至少用时70分钟.但由于07年12月初"地铁","九铁"两家公司合并了(港铁),以前转乘需刷卡缴两次车费的历史不复存在,现只需在金钟站出来时刷一次卡付21.9的车费即可,即现在起转乘较以前也有所优惠,这样到海洋公园的全程花费为40.5,这条线路基本上也是各种旅游线路推荐给游客的麻烦昂贵费时的线路.
3.2  从深圳湾口岸坐B2大巴到天水围西铁站，票价8元,坐港铁到美孚站换乘荃湾线到旺角,票价15元,在弥敦道旺角和油麻地一带换乘171(海洋公园专线)大巴,票价10.6元,全程需花费33.6元.全程至少用时75分钟.
3.3  从深圳湾口岸坐B2大巴到天水围西铁站，票价8元,坐港铁到南昌站(西铁线终点站),票价12.9元，D出口上到路面换东铁线接驳巴士K16到尖沙咀.在尖沙咀码头乘坐天星小轮到中环新码头,之前还可顺道游览星光大道及维港海景,小轮的船票价为2.2元;再转乘629专线大巴到达海洋公园,票价为10.6.全程需花费33.7元.全程至少用时100分钟.

4.到迪士尼
从深圳湾口岸坐B3X大巴到屯门市中心,票价为11元;在屯门市中心转乘R33大巴直达迪士尼,票价为19.9元,全程需花费30.9元,车程至少70分钟.

5.到香港国际机场 [超强推荐!!]
从深圳湾口岸坐B2大巴到天水围警署,票价为8元,下车后过马路到对面坐机场巴士E34到终点站香港机场,票价13元.全程需花费21元.车程至少75分钟.这条路线是目前到达香港机场超高性价比的路线了,比在蛇口坐船动辄上百元的船票真是便宜好几倍,同时也比从罗湖和皇岗出境节省不少时间和银子.