matlab工具箱中的生物信息学工具箱（bioinformatics toolbox）功能还算全面，虽然没有什么突出的优点 。包含了：蛋白和核酸分析，系统发育分析以及基因芯片分析等功能。

1、序列分析：以下，带有>>的为命令行！！

例如，我们要查询 RefSeq的一条序列NM_000799，

>> a = getgenbank('NM_000799','ToFile','testbank'); %利用getgenbank函数，可以设置所需信息的各种参数。

%getgenbank('accession',TOFILE',FILENAME)：可以将信息写入文件；

%getgenbank（'accession','SEQUENCEONLY',true）;可以只提取序列信息；

%getgenbank（'accession'，'PARTIALSEQ',SEQPARAMS)；可以只提取一部分序列，SEQPARAMS为[N,M];

%getgenbank（'accession'，'fileformat',fmt)；fmt可以为genbank或者fasta。

>>ntseq = a.Sequence   %这个是结构数组，就是在数组变量名后面加一个圆点,例如array.substructure

>>ntdensity(ntseq) %图示核酸序列各种核苷酸含量；可以设置窗口大小

%ntdensity(ntseq，'window',windowvalue)

>>basecount(ntseq,'chart','bar') %计算核苷酸个数，也可以图示化basecount%(ntseq,'chart','value') value可以设为bar或者pie

>> basecount(seqrcomplement(ntseq))

%它的反义链的核苷酸个数

>> codoncount(ntseq) %计算密码子使用频率

%codoncount(SeqNT, ...'Frame', FrameValue, ...) FrameValue设置阅读框数值，1,2或者3
%codoncount(SeqNT, ...'Reverse', ReverseValue, ...)设置互补链，数值为true或者false
%codoncount(SeqNT, ...'Figure', FigureValue, ...)是否图示化，true或者false

%由于不知道阅读框（ORF）起始位置，所以有六种可能:

%写个循环：

>>for frame = 1:3 %每条链有三种可能
    figure('color',[1 1 1]) %每次打开一个图形界面
    subplot(2,1,1);%将图新划分成小块
    codoncount(ntseq,'frame',frame,'figure',true);
    title(sprintf('Codons for frame %d',frame));%添加标题     
    subplot(2,1,2);    
    codoncount(ntseq,'reverse',true,... %互补链
                            'frame',frame,...
                            'figure',true);    
    title(sprintf('Codons for reverse frame %d',frame)); %sprintf设置输出格式，%d十进制输出
end

>>f = seqshoworfs(ntseq)

%显示阅读框 seqshoworfs(SeqNT, ...'Frames', FramesValue, ...)阅读框设置,1,2或者3
%seqshoworfs(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)不同的生物体密码子有所不同
>>StartIndex = find(f(1).Start ==196) %我们选第一个阅读框196位起始密码子

>>ND2Stop = f(1).Stop(StartIndex) %终止密码子

>> ND2Seq =ntseq(196:ND2Stop); %截选这一段序列
>>codoncount (ND2Seq) %密码子频率

%下面看一下，翻译过程：

>>ND2AASeq = nt2aa(ND2Seq);%翻译，可以设置密码子表

%SeqAA = nt2aa(..., 'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) 设置数值不一样，结果也不一样

>>aacount(ND2AASeq, 'chart','bar') %图示氨基酸频率

>>atomiccomp(ND2AASeq); %原子组成
>>molweight (ND2AASeq); %分子量大小