长生祠，又称痘神庙，全名叫天喜长生祠。庙在城南的白鹭洲附近，临近琵琶巷（现不存）。《金陵野史》说：“太平天国战火后，南京城瘟疫流行，特别是天花，清同治年间，曾国藩过天喜长生祠祀瘟神，设医送诊，以后为医药公会所在地。”

1929年2月，民国国民政府召开第一届中央卫生委员会议，通过了西医余云岫等人提出的“废止旧医(中医)以扫除医药卫生之障碍案”。提案通过后全国中医药界262人聚集上海，成立“全国中医药联合会”。3月17日，南京名中医张简斋、张栋梁等10名代表赴行政院、立法院请愿，要求撤销禁锢中医中药的法令，致使国民政府被迫撤销“废止旧医案”。 1931年1月17日，中央国医馆在长生祠1号成立，附设中国医学专修科，张简斋为首任校长，境内始有高等中医专科学校（日寇侵占南京时被毁）。1934年11月14日，南京国医传习所成立，以中医经典为主课，同时学习西医学，为中医学习西医之始。1937年“七七”事变后，抗战全面爆发，中央国医馆及其下属的国医传习所均被迫停办。1947年，南京国医传习所改为中医学校，正式增设西医课程，讲授解剖学、生理学、药理药化等课程，是本市最初培养既懂中医又懂西医的中西医结合人才之所先后培养青年中医百余人，不少人已成为解放后的名医。