miRNA-seq的样本要求以及数据量_RVDSD

http://blog.sina.com.cn/u/1575035940

首页博文目录关于我

个人资料

微博

加好友发纸条

写留言加关注

博客等级：
博客积分：

博客访问：
关注人气：
获赠金笔：0支
赠出金笔：0支
荣誉徽章：

正文字体大小：大中小

miRNA-seq的样本要求以及数据量

(2018-04-05 09:17:54)

标签：

mirna-seq

生物信息学

样本RNA要求

总RNA质量：≥ 3.0 μg
RNA 浓度: ≥ 50 ng/μl
RIN值 ≥ 7.5（植物与真菌），RIN值 ≥ 8.0（动物）
RNA体积: 20 μl
纯度: 用1.2%琼脂糖凝胶电泳，120V，20分钟，无降解，28S:18S≥1.5，OD260:OD280=1.8~2.0。

测序数量要求

miRNA测序时，一样样本只需要10M read（现在测序成本低，可以测到100M也没问题），每条read长50bp，单端测序，下面是一些测序公司的数据量：

Sequencer	Strategy	Sequencing deep	Company
Illumina HiSeqTM 2500	SE50	General deep:8Mclean reads High deep:15M clean Reads	南京迪康金诺
Illumina HiSeq™ 2500	SE36	18.9~28.2M	百迈客
Illumina	SE50bp	10M reads/sample	美吉生物
HiSeq 2500	SE50	General deep:6~10M clean reads High deep:15～20M clean Reads read/sample	诺禾致源
	SE36 OR SE50	General deep:10M reads High deep：20M reads	阅微基因

在网上找到了Novogene公司的一批样本的small RNA-seq测序量，比较典型，如下所示：

SAMPLE	READS	BASES	ERROR RATE (%)	Q 20 (%)	Q 30 (%)	GC CONTENT (%)
A1	10146979	0.51G	0.01	98.6	96.94	48.9
A2	10262275	0.51G	0.01	98.52	96.83	48.96
A3	11310590	0.57G	0.01	98.53	96.83	48.98
B1	10852108	0.54G	0.01	98.38	96.77	49.07
B2	14936611	0.75G	0.01	98.43	96.82	48.96
B3	12674317	0.63G	0.01	98.51	96.97	49

文献信息：Li A, Liu D, Wu J, et al. mRNA and Small RNA Transcriptomes Reveal Insights into Dynamic Homoeolog Regulation of Allopolyploid Heterosis in Nascent Hexaploid Wheat.[J]. Plant Cell, 2014, 26(5):1878.

数据分析流程

https://jma7s2j0dvbc888p4zf0s16y-wpengine.netdna-ssl.com/wp-content/uploads/2016/03/smrna.png

参考资料

阅读┊ 收藏 ┊ 喜欢 ▼ ┊打印┊举报/Report

前一篇：TaqMan探针检测miRNA表达笔记（二）

后一篇：Jupyternotebook主题的设置

新浪BLOG意见反馈留言板　欢迎批评指正