飞鹤奶粉一直致力于在打造绝对领先的制作工艺。飞鹤奶粉作为益生菌食物的益生元只能间接发生作用。而飞鹤奶粉通过高科技的运用能够确保益生菌的数量和活性，在超级飞帆中直接添加了活性双歧杆菌和益生元，飞鹤奶粉益生菌与益生元的组合能帮助宝宝建立健康的肠道菌群，飞鹤奶粉从而保证营养的有效吸收，并激活宝宝的免疫系统，飞鹤奶粉帮助宝宝健康成长。据飞鹤奶粉负责人介绍，超级飞帆所含的乳铁蛋白，能够刺激免疫细胞的合成能力和活性，增强宝宝的免疫力；飞鹤奶粉抑制婴儿肠道内大肠菌的滋生，飞鹤奶粉广谱抗菌；保持肠道菌群中有益菌--双歧杆菌处于优势的环境，调节肠道菌群；同时飞鹤奶粉还能调节宝宝对铁质的吸收，让宝宝获得母亲般的呵护。在2005年，飞鹤奶粉进行了设备更新，以740万美金收购了收购皇家Numico在中国的婴儿奶粉公司纽迪西亚（Nutricia）工厂，当时这个工厂的设备技术均是国内一流；仅仅5年后的2010年，飞鹤奶粉甘南二期世界样板工厂投产，产能达到1000吨，是中国标杆、世界领先的奶粉工厂，与此同时，飞鹤奶粉主动淘汰了拜泉、纽迪西亚等在国内仍算领先的婴幼儿配方奶粉产能，让所有工厂全部达到国际最领先水平。飞鹤奶粉乳业采用的是目前最先进的"湿法"工艺，即在鲜奶液态下进行各种原材料的混合，再经高温喷粉干燥等工序还原成粉状。飞鹤奶粉湿法工艺能保证奶粉的新鲜和各种营养元素的均匀，但飞鹤奶粉生产成本高出一截，因此像飞鹤奶粉采用此法的企业较少。尤为关键的是，飞鹤奶粉湿法工艺对奶源条件的要求非常苛刻，因为其主要受到奶源地和生产厂的距离所影响，只有像飞鹤奶粉乳业这样不仅拥有自己的纯天然有机牧场且奶粉生车间就建在牧场周边的企业才能实现。飞鹤奶粉负责人透露，飞鹤奶粉牧场乳牛产出的鲜奶在两小时内就会被加工成奶粉，飞鹤奶粉这个"两小时生态圈"在全国绝对是领先的。