肌筋针灸疗法，是指以肌肉（肌）和肌腱（筋）为刺激部位，以防治疾病为目的的一种针灸疗法。显然，它主要是用来治疗肌肉肌腱相疾病的一种针灸治疗方法。如各种肌筋膜疼痛，常见的颈肩腰腿疼痛都属于这一类。
其次，肌肉外连皮肤，内连骨骼，因此，肌筋针刺疗法对于皮肤及骨骼等相关疾病如各种骨质增生，骨刺形成，骨性关节炎，椎间筋突出等，也有一定的疗效，尤其是肌肉病变导致的相关疾病。
由于肌肉的活动与神经相连，因此，一些神经肌肉功能失调的疾病，如重症肌无力等，各种原因导致的各种瘫痪，如中风后瘫痪，面瘫，截瘫等，可以考虑用肌筋疗法。
肌肉中以夹杂了许多微小动脉与静脉，如果这些血管与神经与眼、耳等器官相连，而可能会进一步影响眼耳等器官的功能。因此，肌筋疗法可以用于部分血管性疾病，如静脉曲张及其继发性病症；耳鸣、耳聋、眼花等。
其次，根据神经汇聚理论，支配肌肉的神经元，也可能支配内脏神经元，因此，肌筋针灸疗示也可用于治疗神经、血管及内脏、器官等相关疾病。
此外，肌肉还是人体物质新陈代谢的场所，糖元的降解，就是主要在肌肉中进行，因此，肌筋还可能为糖尿病等代谢性疾病的治疗，提供一定的思路。