美国宣布击毙基地组织头目本-拉登后，多种据称是内幕的消息陆续出炉。有国外媒体报道，美国情报机构找到拉登的藏身地并将其击毙，一切都是基地组织二号人物扎瓦赫里精心设计的结果，他要取代拉登成为“基地”老大，借美军之手除掉拉登。沙特《祖国报》的文章说，2002年以来基地组织的实际领导人就已经是二号人物扎瓦赫里。而组织里面其他以扎瓦赫里为首的二级的成员，很早就有让扎瓦赫里取代拉登这种想法了。

2004年夏天拉登病重，他们就认为机会到了，于是扎瓦赫里和领导层极力劝说拉登转移到巴基斯坦的阿伯塔巴德的安全隐秘所。消息人士还指出，埃及人赛义夫—阿德尔去年被伊朗释放后，也成为基地组织军事的指挥官，从此铲除拉登的计划进入倒计时。他们当时挑选了一名巴基斯坦人，这个人根据扎瓦赫里的命令想办法引起美国情报机构的注意，诱使美国情报人员跟踪他，他假装不知道有人跟踪，最终美国人确认拉登就住在阿伯塔巴德的大宅里。

扎瓦赫里是埃及人，和本拉登同为富豪家庭出身，作为埃及“圣战者”领袖，他曾组织、策划多次恐怖袭击，被观察家认为比拉登还要“冷血”，而且极端分子当中他还有着理论家和知识分子的声望与地位。但美国反恐专家认为，扎瓦赫里还有不少弱点，比如他个性缺乏拉登的个人魅力，他常因为毫不妥协的风格和易怒的个性，而疏远了很多朋友，除了扎瓦赫里，基地组织仍然有其他选择。也有专家认为，基地组织在各地已经成为一个分散化的组织架构，相互之间并不看重谁是组织的一号人物，或是二号人物，国际社会里面对一个远较以前复杂的基地组织。