股权转让所得纳税义务发生时间的确定应区分股东身份，企业股东股权转让纳税义务发生时间为转让协议生效，且完成股权变更手续时；个人股东股权转让纳税义务发生时间为签订股权转让协议并完成股权转让交易时。

文件根据： 

1、《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效，且完成股权变更手续时，确认收入的实现。

也就是说，企业股权转让所得纳税义务发生时间的确定，应以股权变更登记为准。即使股权转让合同已经签订，只要股权变更登记没有完成，企业不需确认股权转让所得。

2、《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕130号）规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。但若股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，纳税人不应缴纳个人所得税。

   上文中关于“股权已作变更登记”，实践中漏洞很多，执行很难，对此税总及时出台新文补漏：
  《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函〔2009〕285号）。该文件明确：股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。

也就是说个人股东股权转让在股权转让协议生效后，股权变更登记前就应该履行其纳税义务。