1946年1月初，东北局在中央指示之下，将东北人民自治军改称为东北民主联军，以体现国共同管东北的意愿。根据新的调整，在民主联军总部管辖下，建立了东满、南满、西满、北满四大军区。林彪将战斗力最强的两个老部队——山东1师（梁兴初部）和新四军3师7旅（彭明治部）划归总部直属，其他各部队根据所在地区分别置于军区领导之下。北满军区由高岗担任司令员，陈云任政委，辖山东7师（杨国夫部）、陕甘宁359旅（刘转连部）及松江、合江、北安、牡丹江、嫩江5个军区；南满军区司令员程世才，政委肖华，辖有第三纵队（吴克华部）、第四纵队（胡奇才部）及辽宁、安东、辽南3个军区；东满军区司令员是周保中，政委林枫，辖山东2师（陈光部）、第七纵队（万毅部）及通化、吉东、辽北3个军区；西满军区司令员为吕正操（后为黄克诚）、政委李富春，辖新四军3师（黄克诚部）及嫩南、辽西两个军区。

1946年8月，将山东1、2师（滨海军区）并入7纵并改名为1纵。新四军第三师3个旅编为2纵，其第7旅与山东（渤海军区）第7师编成6纵。至此野战军主力编为1（梁兴初）、2（刘震）、3（曾克林）、4（吴克华）、6（陈光）纵共5个纵队，以及第359旅和南满独立第1、第2、第3师。约12万人。

此后1年多，东北民主联军编成：林彪任总司令兼政委，彭真、罗荣桓、高岗、陈云、李富春任副政委，周保中、吕正操、肖劲光任副总司令，参谋长刘亚楼，政治部主任是谭政。周保中负责东满、陈云、肖劲光（取代肖华和程世才）负责南满、黄克诚负责西满，北满由东北局亲自负责。吕正操在东北局负责铁路运输。

陈云同志担任南满分局书记兼辽东军区政委,肖劲光任辽东军区司令员。