1.基因的大小

从化学本质看基因含有特定遗传信息的DNA片段，DNA分子最短越4000bp，最长的约为4×10⁹bp，每个基因平均相当于500-6000bp特定序列。但是，不同生物，不同基因大小不同，真核生物基因比较长，原核生物基因比较小，在分析真核生物的一段DNA序列时，如果小于100个密码子或300bp的一段DNA薛烈不能看做一个基因，但也有例外情况，如酵母菌种编码由40个氨基酸组成的细胞质膜蛋白质的PMP1基因。

2.基因的数目

计算基因数目的方法：①通过基因表达推算。主要根据mRNA的数目来计算基因数目。②通过突变分析测算。若在染色体某区段充满致死突变，测定此染色区段的致死位点数量可得知这段染色体上必须基因的数目。③通过基因密度计算。首先测出平均每个可读框（ORF）的大小及每个可读框之间的隔离，然后计算出基因的数目，该方法能相对精确第确定基因的数目。

3.基因的鉴定

一般情况下，基因的DNA序列和非编码DNA序列呈现出一些差异，①所有有活性的基因都能表达并产生RNA产物，主要是mRNA；②基因表达的产物是细胞发挥功能所必需的，基因的DNA序列通常比较保守；③基因序列与非编码DNA序列相比经常含有相当长的可读框，利用基因的这些特征，可以识别基因，鉴定基因。

1）  与RNA杂交鉴定

根据基因表达将产生与基因DNA序列互补的RNA产物的原理，以待测的DNA序列为探针，与从不同组织中提取的mRNA或总RNA进行杂交，如果呈现阴性结果表明没有基因存在，如果阳性结果表明DNA片段中可能存在基因，然后用cDNA文库进行筛选。

2）  Zoo-blot杂交鉴定

将待测的DNA序列与不同种类的基因组进行southern杂交，然后对产生阳性杂交信号的基因组进行测序，检查其实否含有可读框。如果含有可读框，分离附近的基因组序列，鉴定整个基因，然后分离相应的cDNA和mRNA

3）  GC岛鉴定

4）  计算机分析鉴定